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介绍几款网络作图软件

已有 11145 次阅读 2014-9-5 21:23 |系统分类:科研笔记

 

笔者是做生物网络的,日常工作中少不了做些网络图,这里向大家介绍几款相关软件。

 

1. pajek,比较小巧易用,功能和layout也算比较多。应该读作bayak,原意是蜘蛛的意思,一张典型的图如下所示

这是一张讲生物网络鲁棒性的图,比较经典,已经是一本system biology书的封面

 

2. cytoscape 全面强大,生物网络作图神器。layout丰富,可调选项众多,我用的还是2.8.2 是比较老的一个版本,界面如下

 

3. cell designer 这个恐怕出了生物圈用的不多,主要画调控关系的。优点是生物元素比较清晰,不同蛋白都有不同形状,调控关系明确,缺点是比较像电路图,画多了容易乱。另有一个好处就是可以把调控网络直接转换为SBML文件!然后就可以去模拟了!

 

4. Graphviz 其实我对这个软件没太大爱好,需要装个java库,貌似做复杂网络的有人还是用的。

5 Word/Powerpoint,其实比大家想象的好用,我的第一篇文章的Fig1的网络就是拿word拖出来的,效果还不错。。。



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