博文
- [转载]Kart -- 一个分而治之NGS read比对算法，适合于long reads
- 下一代测序（Next-generation sequencing，NGS）提供了巨大的机遇以核苷酸分辨率研究全基因组变异。由于巨大的数据量，NGS应用需要非常快速且准确的比对算法。大部分现有read比对算法基本上都采用种子和扩展策略，这本质上是顺序的，并且在更长reads上耗费更多时间。 我们开发了一种分而治之（divide-and-conquer）算法 ...
- [转载]m6aViewer -- 从m6A-seq/MERIP测序数据中检测、分析和可视化N6甲基腺苷峰
- m6A为一种在基因表达中具有关键调控作用，并且可能在人类疾病中起作用的动态修饰。然而，分析m6A测序数据的生物信息学资源仍然是有限的。 m6aViewer -- 一个分析和可视化来自测序数据的m6A峰的跨平台应用。m6aViewer实现了一种新的m6A峰识别算法，它鉴定高可靠性甲基化残基，比以前描述的方法更准确。与其他当前可 ...
- [转载]AutoCirc -- 更快地鉴定RNA-seq数据中的环状RNA（circRNAs）
- AutoCirc从RNA-seq数据中自动鉴定潜在circRNA的反向剪接位点。核心算法是C++实现的，用Perl包装，在相同计算环境下，比其他circRNA检测算法更快。AutoCirc用来检测基因组已知的所有物种中的circRNAs。它不需要基因注释，但是基因注释会改善circRNAs的检测。 下载：https://github.com/chanzhou/AutoCirc 语言：C++/Per ...
- [转载]Splatter -- 模拟单细胞RNA测序数据
- Splatter Bioconductor包，用于简单，可重复和良好记录的scRNA-seq数据的模拟。Splatter基于γ-泊松分布，为多种模拟方法（包括Splat、Simple、Lun、scDD和BASICS等）提供了一个接口，使得研究者能够以一种可重复方式快速模拟单细胞测序数据，并在模拟和真实数据间比较。 下载：https://bioconductor.org/packages/rel ...
- [转载]HiCUP -- 比对和处理Hi-C数据的流程
- Hi-C和捕获Hi-C是研究基因组三维组织的技术，HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程。 流程比对数据到一个指定参考基因组，并去除可能阻碍随后分析的假象。HiCUP也产生一个易于解释，但详细的质控（quality control，QC）报告，它帮助改善实验方案以用于未来研究。 下载： ...
- [转载]LinkageMapView -- 渲染高分辨率连锁图谱和QTL图谱
- 连锁图谱和数量性状位点（quantitative trait loci，QTL）图谱是研究复杂性状遗传基础的关键工具。 LinkageMapView是一个用R编写的免费扩展包，它产生高分辨率，用于出版的连锁图谱和数量性状位点图谱。 LinkageMapView无缝整合来自R/qt的输出，也接受简单文本或逗号分隔文件，所以能够将它整合到构建流程中。包中有许 ...
- [转载]LncRNAs2Pathways -- 鉴定被一套感兴趣lncRNAs调控的通路
- 已经证明长链非编码RNAs（Long non-coding RNAs，lncRNAs）在不同细胞过程和生物功能中起着重要作用。探索与lncRNAs相关的功能可能帮助提供对它们潜在生物学机制的见解。 当前方法主要关注于研究个别lncRNAs的功能；然而，关键生物学功能可能被多个lncRNAs的组合效应影响。 LncRNAs2Pathways基于全局网络传播算法，鉴 ...
- [转载]ViewBS -- 高通量重亚硫酸盐测序（BS-Seq）数据可视化
- 高通量重亚硫酸盐测序（bisulfite sequencing，BS-seq）是一种产生植物和动物中单碱基DNA甲基化组的重要技术。 ViewBS是一个开源工具箱，它能够容易且灵活地提取和可视化DNA甲基化组数据。通过使用Tabix，ViewBS能够快速可视化大型BS-seq数据集。ViewBS能够产生出版质量图片，例如meta-plots，热图和小提琴-箱体图，能够 ...
- [转载]ChIPWig -- 一种可随机访问的无损和有损ChIP-seq Wig数据压缩方法
- ChIP-seq实验产生了大量数据集，提出了重大的存储和维护挑战。为了解决这个问题，提出了一种专门为ChIP-seq Wig数据设计的无损和有损压缩框架，叫做ChIPWig。 ChIPWig能够随机访问，概括统计查询，它基于为不均匀量化器而设计的最佳点密度非对称理论。 在由ENCODE协会产生的10套ChIP-seq数据集上测试了ChIPWig压缩器 ...
