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CANTATAdb 3.0：植物lncRNA更新库: 张俊鹏 2024-8-6 15:26; CANTATAdb 3.0 ：植物 lncRNA 更新库 LncRNA 是长度超过 200 个核苷酸的 RNA 分子，不具有编码蛋白质的能力，但参与基本的生物过程并具有广泛的功能。在植物中，它们在生长发育和逆境响应等不同环境中发挥着复杂的作用。这些功能可以通过影响基因表达的不同阶段来实现。例如，植物 lncRNA 可以通过与染 ...; 个人分类: 科普|737 次阅读|没有评论

编码还是非编码，这是一个问题: 张俊鹏 2024-8-3 08:34; 编码还是非编码，这是一个问题克里克在 1970 年发表在《自然》杂志上的一篇文章中阐述了分子生物学的中心法则：信息通过信使 RNA (mRNA) 从 DNA( 基因 ) 传递到蛋白质。大约 50 年后，中心法则仍然存在。然而，它只是我们基因组表达功能分子的众多机制之一。多年来，越来越明显的是，我们的基因组 DNA ...; 个人分类: 科普|603 次阅读|1 个评论

SCNE：揭示疾病进程中的恶化前状态: 张俊鹏 2024-7-31 09:49; SCNE ：揭示疾病进程中的恶化前状态复杂疾病往往是由环境或遗传因素引起的体内平衡改变的结果。大量的实验和临床证据表明，复杂疾病的演变并不总是以渐进模式为标志，而是以达到关键过渡或临界点时系统状态的突然和定性变化为特征。因此，不考虑不同疾病在临床表现和生物学机制上的特殊差异，疾病演变可以分为三种 ...; 个人分类: 科普|712 次阅读|没有评论

[转载]癌症研究中的空间转录组学：机遇与挑战: 张俊鹏 2024-7-29 11:16; 癌症研究中的空间转录组学：机遇与挑战取决于用于测量转录本的策略，空间转录组学 (Spatial transcriptomics ， ST) 技术可分为两类 : 基于成像的技术和基于测序的技术。基于成像的 ST 技术使用荧光原位杂交 (fluorescence in situ hybridization ， FISH) 检测转录本。另一方面，基于测序的技术利用测序 ...; 个人分类: 科普|780 次阅读|没有评论

DeepGSEA：单细胞转录组数据的可解释深度基因集富集分析: 张俊鹏 2024-7-26 09:46; DeepGSEA ：单细胞转录组数据的可解释深度基因集富集分析自提出以来，单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 因其捕捉生命基本单元单细胞内基因特征的能力而令人们兴奋不已。通过测量单个细胞的表达谱，研究人员发现了大量 RNA-seq 数据中未发现的基因表达的大量细胞异质性。为了处理单细胞分析中的细胞异质性，已经 ...; 个人分类: 科普|880 次阅读|没有评论

hubEnsembles：R集成方法: 张俊鹏 2024-7-24 17:02; hubEnsembles ： R 集成方法对未来结果的预测对规划和决策至关重要，但对未来做出可靠的预测是一项挑战。克服这一挑战的一种方法是将多个独立模型的预测结合起来。这些组合方法 ( 也称为聚合或集合 ) 已被反复证明可以产生更准确的预测，并且比单个模型更加一致。由于明显的性能优势，多模型集成在各个领 ...; 个人分类: 科普|910 次阅读|没有评论

FORGEdb：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具: 张俊鹏 2024-7-20 12:23; FORGEdb ：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具全基因组关联研究 (GWAS) 在识别与许多不同疾病和性状相关的遗传位点方面取得了显著成功。截至 2022 年底， GWAS 目录包含了 23.2 万个与 3000 种疾病和性状相关的不同变异。从 GWAS 中发现的许多位点都是基因间的，位于基因组的非蛋白质编码 ...; 个人分类: 科普|1223 次阅读|没有评论

Open-ST：3D高分辨率空间转录组: 张俊鹏 2024-7-17 11:24; Open-ST ： 3D 高分辨率空间转录组近年来，空间转录组学 (spatial transcriptomics ， ST) 方法的发展和应用得到了极大的发展。与标准的单细胞方法不同， ST 保留了捕获的转录组的空间背景，因此可以直接观察细胞的排列及其在组织空间中的相互作用。这些数据是理解健康分子机制的基础，对于确定和靶向疾 ...; 个人分类: 科普|1068 次阅读|没有评论

计算知识共享和重复使用的十个简单规则: 张俊鹏 2024-7-15 10:54; 计算知识共享和重复使用的十个简单规则计算生物医学知识 (Computable biomedical knowledge ， CBK) 被不同地定义为 :“ 关于人类健康的分析和 / 或审议过程的结果 ……” 可以使用逻辑、形式标准和数学方法来表示和推理 ” ，以及 “ 包含将输入数据转换为实际输出的机器可解释或可执行指令的软 ...; 个人分类: 科普|669 次阅读|没有评论

你的SCI论文没有被WOS收录，怎么办？: 张俊鹏 2024-7-13 08:14; 你的 SCI 论文没有被 WOS 收录，怎么办？最近需要开具 SCI 论文收录证明，突然发现 2023 年 10 月发表在 PLOS Computational Biology 杂志的 1 篇论文没有出现在 WOS 数据库里。在生物信息学领域， PLOS Computational Biology 杂志口碑很好，所以该 SCI 期刊运营肯定正常。然而，在正常期刊 ...; 个人分类: 科普|1177 次阅读|没有评论

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