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- scSurv：单细胞存活分析的深度生成模型
- scSurv ：单细胞存活分析的深度生成模型 生存分析是一种广泛应用于各个领域的统计方法，用于模拟特定事件发生的时间，并考虑多个协变量的影响。这些模型通常包含两个主要部分：基线风险函数，表示所有协变量均不存在时的潜在风险；以及效应参数，用于量化解释性协变量如何影响风险函数。其中， Cox 比例 ...
- 单样本网络建模的挑战与机遇
- 单样本网络建模的挑战与机遇 网络建模方法为理解驱动生物系统的机制提供了一个重要的框架。许多方法已被开发用于推断生物网络，通常利用来自多个样本的数据构建单一的代表性模型。分析代表不同生物状态的单个或少数几个网络可以为健康和疾病提供重要的见解。然而，这类方法在揭示网络如何在群体中变化方面存在 ...
- Harmony2：整合大型、复杂的单细胞数据集
- Harmony2 ：整合大型、复杂的单细胞数据集 单细胞 RNA 测序已成为分析健康和病变人体组织中细胞类型和状态的基础检测方法，目前已有来自超过 1 万名捐赠者的 1 亿多条数据公开可用。将这些数据集整合到统一的参考图谱中，需要利用计算算法来消除技术差异，同时保留生物学结构。随着图谱规模和异质性 ...
- causarray：在单细胞转录组数据中发现因果关系
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- causarray ：在单细胞转录组数据中发现因果关系 基因组学研究的出现彻底改变了我们对生物系统和疾病机制的理解。特别是，单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术的进步，以前所未有的分辨率解析了细胞水平的基因表达，从而能够详细表征细胞异质性及其与健康和疾病的相关性。同样，理解调控人类细胞表型 ...
- FlowerBase：花卉集成多组学数据库
- FlowerBase ：花卉集成多组学数据库 开花植物是全球园艺和花卉产业的基石，而“花卉组学”这一新兴领域对于推动基础植物科学和工业育种都变得不可或缺。这些植物具有巨大的经济意义。 2019 年，仅美国花卉产业销售额就达到了约 138 亿美元。然而，观赏花卉的基因组和多组学资源仍然严重碎片化或仅限 ...
- mirtronDB 2.0：mirtron数据库
- mirtronDB 2.0 ： mirtron 数据库 mirtrons 是一类通过非经典途径编码的 pre-miRNA ，该途径不依赖于 Drosha 酶。尽管存在 microRNA （ miRNA ）数据库，例如 miRBase 和 MirGeneDB ，但目前还没有专门用于 mirtrons 的资源。现有数据分散在各个出版物中，缺乏标准化和集中管 ...
- SC-MO-GRN-DB：单细胞多组学基因调控网络综合数据库
- SC-MO-GRN-DB ：单细胞多组学基因调控网络综合数据库 基因表达的调控是一个决定细胞如何获得其身份、响应环境信号以及维持其功能的基本过程。转录因子（ TF ）是这一调控的核心，它们识别并结合特定的 DNA 序列来激活或抑制其靶基因（ TG ）。转录因子并非孤立作用，而是在一个相互连接的基因调控网 ...
- 基因调控网络：从相关模型到因果解释
- 基因调控网络：从相关模型到因果解释 “对单个基因的观察永远无法阐明身体计划或身体部分的总体机制，除非在极其微小且总是部分，如果不是完全虚幻的，蠕虫眼观点的水平上。” - Eric H. Davidson 当 Nusslein-Volhard 和 Wieschaus 首次对果蝇胚胎进行系统性的分节突变筛选时，他们揭示 ...
- anndataR：提升单细胞转录组学中R和Python的互操作性
- anndataR ：提升单细胞转录组学中 R 和 Python 的互操作性 在单细胞转录组学领域，存在三个主要的分析生态系统： scverse 、 Seurat 和 Bioconductor ，每个生态系统都定义了自己的内存数据格式。 Bioconductor 使用的 SingleCellExperiment 对象和 Seurat 对象，是用 R 实 ...
- CellRefiner：重建空间转录组学的单细胞分辨率
- CellRefiner ：重建空间转录组学的单细胞分辨率 单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）能够以高通量和高分辨率对单个细胞进行剖析，从而实现基因表达异质性和相互作用的新分析。然而， scRNA-seq 方法需要组织解离，并随后丢失空间信息，这对于研究空间限制的细胞间通讯等生物学过程至关重要。相比之下，空 ...
