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- HCNetlas：人类细胞网络图谱
- HCNetlas ：人类细胞网络图谱 人体组织由多种细胞类型组成，每种细胞类型都具有不同的功能作用，并且影响疾病基因如何促进疾病的发生和发展。掌握特定细胞类型如何影响疾病基因的作用是人类遗传学的一个复杂且尚未解决的问题。人类细胞图谱 (Human Cell Atlas ， HCA) 项目收集了来自健康组织的大量单细胞 RNA ...
- PlantCircRNA：植物环状RNA综合数据库
- PlantCircRNA ：植物环状 RNA 综合数据库 环状 RNA(circRNA) 代表了最近发现的存在于许多真核生物中的新型调控非编码 RNA 。传统的 RNA 检测和分析方法需要自由的 5’ 和 3’ ，但是这种经典方法完全忽略和低估了 circRNA 的表达和生物学重要性。 circRNA 的研究具有重要的研究价值。首先，环状 ...
- 文章发表 | Cycle：识别自闭症细胞类型特异性lncRNA调控网络
- 文章发表 | Cycle ：识别自闭症细胞类型特异性 lncRNA 调控网络 自闭症谱系障碍 (Autism spectrum disorder, ASD) 是指具有高度遗传多样性和复杂性的神经发育障碍的集合。 ASD 个体从小就在社会交往和语言沟通方面存在着广泛的困难和缺陷。尽管 ASD 研究取得了惊人的进展，已有研究表明 ASD 具有很强 ...
- scAMF：单细胞数据聚类分析框架
- scAMF ：单细胞数据聚类分析框架 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已经成为基因组研究的重要工具，在剖析单个细胞的基因组、转录组和表观基因组图谱方面提供了前所未有的分辨率。这种详细的视角有助于破译组织内复杂的相互作用和细胞群体的内在多样性。先进的分析方法，包括降维、细胞聚类和可视化技术，可以更深 ...
- 文章发表 | Scan：bulk和单细胞转录组数据中识别样本特异性miRNA调控
- 文章发表 | Scan ： bulk 和单细胞转录组数据中识别样本特异性 miRNA 调控 MicroRNA (miRNA ，长度为 19 - 25nt) 作为一种调控型非编码 RNA (non-coding RNA ， ncRNA) ，可以调控数千种编码 RNA 的表达水平，在人类癌症的生物学过程、信号通路和病理过程中发挥关键作用。由于 miRNA 在生物系 ...
- 不确定数据的贝叶斯聚类
- 不确定数据的贝叶斯聚类 按相似性分组在生物信息学中有多种应用。例如，根据任何分子测量对样本进行聚类可能有助于确定疾病的亚群。在基因表达数据中，基因聚类可能有助于推断基因功能和调控关系。聚类也可以用来聚集疾病本身。例如，免疫介导性疾病 (IMD) 已被证明具有共同的遗传基础，因此 IMD 可以根据这些共同 ...
- 肿瘤内调控TGF-β信号和EMT的RNA调控机制
- 肿瘤内调控 TGF-β 信号和 EMT 的 RNA 调控机制 上皮 - 间充质转化 (Epithelial-mesenchymal transition ， EMT) 是上皮细胞向成纤维细胞形态转化并获得迁移特性的表型分化过程。最初是在发育过程中描述的，现在有大量证据表明， EMT 在肿瘤向转移状态发展的过程中重演，并进一步增强了这些肿瘤对 ...
- 阴性基准测试：生成阴性数据对miRNA靶标分类的影响
- 阴性基准测试：生成阴性数据对 miRNA 靶标分类的影响 MicroRNA (miRNA) 是存在于动物、植物和一些病毒基因组中的小非编码 RNA ，在后转录水平调控基因表达中起关键作用。 miRNA 是由内源性蛋白因子产生的多阶段过程。成熟后， miRNA 与 Argonaute 蛋白结合形成 miRNA 诱导的沉默复合物 (miRISC) 。动 ...
- 利用图神经网络重构基因调控网络
- 利用图神经网络重构基因调控网络 基因调控网络 (GRN) 推理是计算生物学的一个重要研究领域。基因编码我们身体所需的大量产品，如蛋白质和 RNA( 核糖核酸 ) 。一个基因的产物可以影响另一个基因，甚至可以涉及影响所有基因起源的同一基因。通过实验从基因表达数据推断整个调控网络的相互作用是不可行的。计算方法 ...
- IMI-driver：整合多水平基因网络和多组学识别癌症驱动基因
- IMI-driver ：整合多水平基因网络和多组学识别癌症驱动基因 癌症是由破坏细胞增殖和死亡之间平衡的关键基因变化引起的。这些变化会影响调节细胞生长、细胞周期和 DNA 复制的癌症驱动基因。发现这些基因对于癌症的早期发现、有效治疗和精准治疗至关重要。然而，由于癌症的复杂性以及计算和实验的限制，这是一项具 ...
