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CM-Drug:提高免疫检查点阻断疗效的药物预测

已有 509 次阅读 2024-4-7 09:16 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

CM-Drug:提高免疫检查点阻断疗效的药物预测

免疫疗法,特别是免疫检查点阻断(immune checkpoint blockadeICB),旨在激活和调动免疫系统来根除恶性细胞,并在各种恶性肿瘤中取得了令人印象深刻的临床成功。在一些患者中,ICB产生了持久的临床反应,导致长期疾病缓解。然而,低反应率和对治疗的耐药性仍然是限制大多数患者临床使用ICB治疗的问题。因此,提高整体有效率和治疗效果至关重要。

目前,许多研究侧重于通过联合治疗,结合化疗和靶向治疗等其他治疗方法来提高ICB的疗效。因此,一些药物已被确定为与ICB联合的候选药物。在这些报告中,大多数提出的药物要么是偶然发现的,要么是根据对现有机制的了解筛选出来的,还有一些是对现有药物的改良。

在这项研究中,Xia等人首先通过分析基因表达数据确定了与ICB治疗反应相关的核心和小基因集。基于核心和小基因集的富集分数,开发了一种称为CM-Drug(图1https://github.com/cloudsummer/CM-Drug)的计算方法来预测ICB联合治疗的抗肿瘤效果。通过黑素瘤和肺癌小鼠模型验证了CM-Drug方法的有效性。此外,作者们探索了一种选定的化合物他替雷林与ICB治疗联合使用的潜在机制。CM-Drug具有潜力确定ICB联合药物并且用于前瞻性癌症治疗。

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1 预测与ICB联用化合物的CM-Drug方法。根据确定的6个核心和小基因集,通过GSEA方法计算了阳性和阴性样本中每个基因集的NES值。所有收集到的ICB联合治疗数据集中,阳性样本为NES > 0FDR < 0.05的化合物。阴性样品为LINCS数据库(https://lincsproject.org/)NES < 0FDR < 0.05的化合物。 利用这些NES值建立回归模型,计算各化合物的CM-ScoreCM-Score可用于优先考虑可提高ICB治疗疗效的候选化合物

CM-Drug方法充分利用了LINCS L1000数据库中数万种化合物的数据,克服了传统免疫治疗靶点的局限性。除了预测LINCS数据库中的协同药物外,CM-Drug方法还可用于评估ICB与其他化合物(甚至是天然植物提取物)联合的治疗效果。这将大大加快ICB联合治疗的药物筛选,极大地促进ICB治疗的临床研究。

参考文献

[1] Xia Y, Li X, Bie N, et al. A method for predicting drugs that can boost the efficacy of immune checkpoint blockade. Nat Immunol. Published online March 18, 2024. doi:10.1038/s41590-024-01789-x

以往推荐如下:

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库:CITEdb

5. EMT标记物数据库:EMTome

6. EMT基因数据库:dbEMT

7. EMT基因调控数据库:EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库:RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库:RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库:RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库:CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库:ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台:ITCM

14. AgeAnno:人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源:DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库:singleCellBase

17. 实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源:TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台:GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观:DRESIS

21. 生物信息资源平台:bio.tools

22. 研究资源识别门户:RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库:CCIDB

24. HMDD 4.0miRNA-疾病实验验证关系数据库

25. LncRNADisease v3.0lncRNA-疾病关系数据库更新版

26. ncRNADrug:与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测ncRNA

27. CellSTAR:单细胞转录基因组注释的综合资源

28. RMBase v3.0RNA修饰的景观、机制和功能

29. CancerProteome:破译癌症中蛋白质组景观资源

30. CROST:空间转录组综合数据库

 

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