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识别单个肿瘤的癌症驱动基因: 张俊鹏 2023-11-17 13:14; 识别单个肿瘤的癌症驱动基因虽然治疗癌症的新方法的发展改善了某些癌症类型患者的生存前景，但其他癌症类型的死亡率却急剧上升。例如，在澳大利亚和美国，肝癌、胰腺癌、甲状腺癌和子宫癌的死亡率在过去四十年中稳步上升，预计其死亡率在未来将急剧上升。不出所料，这些癌症通常不能手术，缺乏有效的化疗选 ...; 个人分类: 科普|789 次阅读|没有评论

利用agoTRIBE检测单细胞转录组内miRNA靶标: 张俊鹏 2023-11-15 22:07; 利用 agoTRIBE 检测单细胞转录组内 miRNA 靶标 miRNA 是小的非编码 RNA ，其转录后调节蛋白质编码基因的表达。从机制上讲，它们引导 Argonaute 效应蛋白到达信使 RNA 靶点，允许 Argonaute 和辅助因子抑制 mRNA 的翻译和 / 或促进降解。 miRNA 几乎存在于所有多细胞动物和植物中 ...; 个人分类: 科普|917 次阅读|没有评论

单细胞基因组学似是而非的艺术: 张俊鹏 2023-11-13 10:06; 单细胞基因组学似是而非的艺术 “大数据”基因组数据集的高维性使得降维技术在过滤噪声、实现可处理计算和促进探索性数据分析 (EDA) 方面得到了广泛的应用。表面上看，这种简化的目标是从数据中保存和提取局部和 / 或全局结构，用于生物推理。常用技术的试错应用导致了目前流行的工作流程，将初始降维到 ...; 个人分类: 科普|744 次阅读|没有评论

使用机器学习发掘抗衰老药物: 张俊鹏 2023-11-8 09:08; 使用机器学习发掘抗衰老药物衰老是一种以细胞周期停滞、大分子损伤和代谢改变为特征的细胞状态。衰老表型可由多种细胞和环境应激因素触发，包括复制衰竭、致癌激活、化疗和放疗，并且已知对组织微环境有有益和有害的影响。例如，衰老有助于哺乳动物胚胎发育，促进伤口愈合和干细胞发育，并且是一种有效的肿 ...; 个人分类: 科普|662 次阅读|没有评论

circExp：人类癌症circRNA基因表达在线转录组平台: 张俊鹏 2023-11-6 11:35; circExp ：人类癌症 circRNA 基因表达在线转录组平台基因表达是将 DNA 编码的信息转化为功能性产物的过程。环状 RNA (circRNA) 是一类非编码 RNA ，它既与内源性 microRNA 竞争，又调节 RNA 结合蛋白，因此在转录和转录后水平上是重要的调节因子。环状 RNA 形成共价连接的连续环，在 ...; 个人分类: 科普|736 次阅读|没有评论

CircNet 2.0：探索癌症中环状RNA调控网络数据库: 张俊鹏 2023-11-3 12:39; CircNet 2.0 ：探索癌症中环状 RNA 调控网络数据库环状 RNA (circRNA) 是单链 RNA 分子，它们单独形成共价闭合的连续环。与线性 RNA 相比，环状 RNA 没有 5’ 和 3 ‘ 末端，因此抵抗外切酶介导的降解，使其成为高度稳定的分子。研究表明， circRNA 通过 “ 海绵 ”microRNAs (m ...; 个人分类: 科普|636 次阅读|没有评论

单细胞RNA测序数据聚类的显著性分析: 张俊鹏 2023-11-1 09:29; 单细胞 RNA 测序数据聚类的显著性分析无监督聚类广泛应用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 工作流程中。目标是检测不同的细胞群，这些细胞群可以被注释为已知的细胞类型或被发现为新的细胞类型。应用这些工作流的一个常见说法是，新的细胞亚型或状态已经被发现，因为聚类算法将与已知细胞类型相关 ...; 个人分类: 科普|871 次阅读|没有评论

LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版: 张俊鹏 2023-10-30 10:37; LncRNADisease v3.0 ： lncRNA- 疾病关系数据库更新版非编码 RNA 最初被认为是转录噪声，随着多种技术的进步，这一观点已经被推翻。长链非编码 RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 作为一类长度超过 200nt 的非编码 RNA ，参与多种生物学过程，如染色质重塑、通过与表观遗传调控复合物相 ...; 个人分类: 科普|867 次阅读|没有评论

circRNA对microRNA的调控: 张俊鹏 2023-10-26 14:05; circRNA 对 microRNA 的调控尽管几十年前就发现了植物类病毒，但环状 RNA (circRNA) 的重要性直到 2012 年才被发现，当时对 RNA 测序的计算分析揭示了各种组织和细胞中的数百种环状 RNA 。环状 RNA 被归类为广泛表达的新型单链 RNA ，因为它们的闭环结构缺少 3‘ 和 5’ 末端。尽 ...; 个人分类: 科普|992 次阅读|没有评论

circRNA发现和分析的生物信息学工具箱: 张俊鹏 2023-10-25 08:58; circRNA 发现和分析的生物信息学工具箱环状 RNA (Circular RNA, circRNA) 是一种具有生物活性的核酸分子，与信使 RNA 相比，它以闭环 RNA 形式存在，缺乏聚腺苷化的尾部。 circRNA 通常被归类为非编码 RNA (Noncoding RNA ， ncRNA) ，尽管一些 circRNA 具有蛋白质编码潜能。 circRNA ...; 个人分类: 科普|795 次阅读|没有评论

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