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从相关性到因果关系：阿尔茨海默病中的细胞类型特异性基因调控网络: 张俊鹏 2026-3-15 14:17; 从相关性到因果关系：阿尔茨海默病中的细胞类型特异性基因调控网络阿尔茨海默病（ AD ）是一种复杂的神经退行性疾病，其特征是进行性的认知衰退和记忆丧失，是最常见的痴呆形式，预计到 2060 年将影响 1380 万 65 岁以上的美国人。从之前的全基因组关联分析（ GWAS ）中已经揭示了与 AD 相关的许 ...; 个人分类: 科普|542 次阅读|没有评论

SuperCell2.0支持半监督式多模态元细胞图谱: 张俊鹏 2026-3-15 14:15; SuperCell2.0 支持半监督式多模态元细胞图谱对数十万细胞进行单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）能够深入解析复杂组织的表型特征。在癌症领域，已针对多种肿瘤类型生成大型单细胞图谱，为肿瘤微环境（ TME ）提供了详细图谱。 TME 是一个动态生态系统，它塑造了癌症的进展和治疗反应。最近的技术进步 ...; 个人分类: 科普|514 次阅读|没有评论

GeneSNAKE：模拟基因调控网络和扰动诱导表达数据: 张俊鹏 2026-3-15 14:13; GeneSNAKE ：模拟基因调控网络和扰动诱导表达数据理解基因如何相互作用和相互调控一直是系统生物学中的关键挑战之一。研究这一问题的基本方法之一是通过调控网络（ GRN ）。然而， GRN 推断领域仍然面临许多挑战。例如基因调控的复杂性、表达数据的高噪声水平，以及大多数真正的调控相互作用未知使得 ...; 个人分类: 科普|477 次阅读|没有评论

空间转录组中差异表达基因识别的统计方法比较研究: 张俊鹏 2026-3-15 14:11; 空间转录组中差异表达基因识别的统计方法比较研究空间转录组学（ ST ）是一项新兴的高通量技术，能够在保留组织内空间背景的情况下进行全基因组基因表达分析，为细胞功能、组织组织和细胞间通讯提供关键见解。 ST 研究中的基本分析目标是在病理区域或疾病等级之间识别差异表达（ DE ）基因，例如在乳 ...; 个人分类: 科普|491 次阅读|没有评论

scSNViz：细胞特异性表达SNV的可视化和分析: 张俊鹏 2026-3-8 14:40; scSNViz ：细胞特异性表达 SNV 的可视化和分析细胞特异性表达的单一核苷酸变异（ SNV ）包括 DNA 转录的体细胞和生殖系变异，以及依赖上下文的 RNA 起源变异，所有这些都动态地促进了转录异质性。这些 SNV 可以影响蛋白质功能、基因表达调控、转录和翻译效率以及细胞信号传导。在单细胞 ...; 个人分类: 科普|1192 次阅读|没有评论

MEBOCOST：绘制代谢物介导的细胞通讯: 热度 1 张俊鹏 2026-3-8 14:38; MEBOCOST ：绘制代谢物介导的细胞通讯细胞通讯（ CCC ）对于维持细胞、器官和完整系统的功能与稳态至关重要。研究表明，异常的 CCC 会导致多种健康问题，如肥胖、糖尿病、心脏病和癌症。 CCC 可由多种分子介导，例如蛋白质和代谢物。单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）数据提供了组织中单个细 ...; 个人分类: 科普|1197 次阅读|1 个评论热度 1

UCell 和 pyUCell：单细胞基因特征评分: 张俊鹏 2026-3-4 18:25; UCell 和 pyUCell ：单细胞基因特征评分单细胞技术通过在单个细胞分辨率下分析基因表达，极大地提升了我们表征细胞异质性的能力。单细胞分析中的一个核心计算任务是量化单个细胞内预定义基因集（或称“模块”）的活性——这种方法通常被称为基因特征评分或模块评分。基因集可以源自多种来源，包括经 ...; 个人分类: 科普|1285 次阅读|没有评论

bayesReact：癌症、组织和单细胞水平的miRNA活性识别: 张俊鹏 2026-3-2 18:00; bayesReact ：癌症、组织和单细胞水平的 miRNA 活性识别在保持组织完整性和预防癌变的同时，调控机制对于维持细胞内稳态、促进细胞正常增殖和分化至关重要。然而，关于调控细胞约束的空间时间复杂性仍有许多未知之处，新的调控因子仍在不断被发现和表征。调控机制通常需要通过基序识别进行，其中基序 ...; 个人分类: 科普|1378 次阅读|没有评论

WhatIsMyGene：回归基因富集基础: 张俊鹏 2026-3-2 17:58; WhatIsMyGene ：回归基因富集基础现代转录组协议通常能识别出 20,000 种 RNA 分子。蛋白质组数据集现在可能包含超过 8,000 种蛋白质。在大多数情况下，研究人员感兴趣的是已识别实体的子集，例如在干扰素应用于特定细胞系时显著上调的转录本集合。一旦选择了这样的子集，研究人员便试图将其与 ...; 个人分类: 科普|1332 次阅读|没有评论

Fuzzifier*：鲁棒且敏感的多组学数据分析: 张俊鹏 2026-2-27 09:45; Fuzzifier* ：鲁棒且敏感的多组学数据分析几十年来高通量测序和其他组学技术已经改变了生物研究，为复杂生物系统提供了前所未有的洞察。然而，由于固有的不确定性、技术偏差和测量不精确，对这些数据的解释仍然具有挑战性。这些问题包括通过统计（或生物信息学分析）得出稳健、可靠和值得信赖的结论，在生 ...; 个人分类: 科普|1286 次阅读|没有评论

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