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US-align：蛋白质、核酸和大分子复合物的通用结构比对工具: 张俊鹏 2023-6-5 21:03; US-align ：蛋白质、核酸和大分子复合物的通用结构比对工具生物大分子（包括蛋白质、 RNA 和 DNA ）的结构比较和比对在结构生物学研究中具有重要意义。除了提供形状比较的直观可视化外，基于结构的蛋白质功能注释、突变效应建模、合理的蛋白质设计和蛋白质结构分类还需要结构比对。最近的应用还包括 ...; 个人分类: 科普|292 次阅读|没有评论

PRPS：去除大规模RNA测序数据中不需要的变异: 张俊鹏 2023-6-2 22:46; PRPS ：去除大规模 RNA 测序数据中不需要的变异 RNA 测序 (RNA-seq) 数据分析的一个重要步骤是归一化，即去除不同来源的不需要的变异，使样本内部和样本之间的基因表达测量具有可比性。在癌症 RNA-seq 数据中，样本内归一化应根据基因长度、 GC 含量和细胞组成进行调整，而样本间归一化应消 ...; 个人分类: 科普|510 次阅读|没有评论

类器官细胞图谱: 张俊鹏 2023-5-31 14:56; 类器官细胞图谱人类类器官在生物医学应用方面具有巨大的潜力 ( 图 1a,b) 。这些培养细胞的三维结构概括了体内器官发育和生物功能的重要方面。它们提供了易于处理的人体生理和病理的体外模型，从而使难以或不可能在人类受试者中进行的介入性研究成为可能。例如，类器官允许在反映人类生物学的复杂细胞环 ...; 个人分类: 科普|465 次阅读|没有评论

单细胞和空间转录组学：解读健康和疾病大脑复杂性: 热度 1 张俊鹏 2023-5-29 09:43; 单细胞和空间转录组学：解读健康和疾病大脑复杂性首次尝试将脑组织学与基因表达结合起来，旨在检测结节性硬化症患者脑切片中的多个转录本。在 20 世纪 90 年代中期， Eberwine 及其同事开发了一种多步骤方案，包括 Nestin 免疫染色、原位反转录、原位 cDNA 合成、标记细胞抽吸和通过反向 Northe ...; 个人分类: 科普|448 次阅读|1 个评论热度 1

寻找网络合适尺度：基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现: 张俊鹏 2023-5-24 09:41; 寻找网络合适尺度：基于谱聚类有效识别优先连接网络的因果涌现网络可以用来表示广泛的系统，在过去的十年里，它们的使用在整个科学领域变得越来越普遍。虽然网络分析通常是在网络的完整、微观尺度表示上进行的，但最近研究表明，信息量较大的网络也可以识别和建模。使用这些技术，可以将网络 G 重新构 ...; 个人分类: 科普|343 次阅读|没有评论

精确精神病学需要解开障碍特异性变异：以ASD为案例: 张俊鹏 2023-5-22 15:45; 精确精神病学需要解开障碍特异性变异：以 ASD 为案例 1. 纠缠的变异自闭症谱系障碍（ ASD ）的个体变异是一个既定的事实。对某些人有效的干预措施对其他人无效。症状严重程度、适应性行为评分和智商与干预结果的差异部分相关，但仍有大量差异未被解释。预测个体对不同干预措施的反应是临 ...; 个人分类: 科普|359 次阅读|没有评论

使用他人代码的十条简单规则: 张俊鹏 2023-5-22 15:43; 使用他人代码的十条简单规则每次你使用计算机时，你都在使用别人的代码，无论是操作系统、文字处理器、网络应用程序、研究工具，还是简单的代码片段。几乎所有的代码都有一些 bug 和错误。在日常生活中，这些错误通常并不太重要，或者至少在它们发生时并不明显（想想操作系统崩溃）。然而，在研究中，有 ...; 个人分类: 科普|374 次阅读|没有评论

实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述: 张俊鹏 2023-5-17 10:46; 实验验证型人类 miRNA-mRNA 互作数据库综述微小 RNA （ miRNA ）在疾病发展中的作用越来越成为生物行为研究的主题。 miRNA 是长度在 17 至 25 个核苷酸的小型单链非编码 RNA ，在转录后水平上发挥作用以调节基因表达。通过与信使 RNA （ mRNAs ）的 3′ 非翻译区（ UTR ）结合， ...; 个人分类: 科普|403 次阅读|没有评论

癌症研究的下一个重大科学问题: 热度 1 张俊鹏 2023-5-15 10:45; 癌症研究的下一个重大科学问题近年来，我们对肿瘤发生和癌症进展以及不同癌症类型的临床治疗的理解发生了巨大变化。然而，即使取得了这一进展，科学家和肿瘤学家也面临着巨大的挑战，从解开相关的分子和细胞机制到治疗和生物标志物开发，再到治疗后的生活质量。在《 The next big questions in cancer res ...; 个人分类: 科普|490 次阅读|1 个评论热度 1

通过深度学习识别空间转录组学中的空间域：DeepST: 张俊鹏 2023-5-14 19:13; 通过深度学习识别空间转录组学中的空间域： DeepST 组织由不同的细胞组成，其空间组织对发挥其生物功能具有重要意义。空间转录组（ ST ）的最新进展，如 10×Visium （ https://www.10xgenomics.com/ ）、 Slideeq 和 Stereoseq ，使得通过原位测序在转录组水平上理解组织功能和细胞结构成为 ...; 个人分类: 科普|489 次阅读|没有评论

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