Martini实例教程：新分子的参数化

李继存 2016-10-11 06:48

基于已知片段对新分子进行参数化 发布: 2016-10-10 11:47:32; 翻译: 付彦凯; 校对: 李继存 在本教程中, 我们将讨论如何为一个含有已知片段, 但尚未被描述过的新分子构建Martini拓扑. 随后我们将对该Martini模型进行自组装模拟以评估其行为, 但不会进行模型的精细化. 如果你觉得有必要对其进行精细化, 请参见本教程第二 ...

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使用bash编辑二进制文件：创建Origin调色板文件

李继存 2016-10-6 10:00

2016-10-05 20:08:43 我一直在使用自己 汉化的Origin 7.5版 , 因为程序小, 界面比较简洁. 功能虽然少一些, 但绝大多数时候都够用了, 所以也就没有升级. 最近遇到一个作图需求, 要在一张图上画出很多条线, 并对每条线使用特定的颜色来代表其对应的时间值. 7.5版本的Origin支持使用调色板来定义线条的颜色, 但软件自带 ...

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Martini实例教程：使用VMD可视化Martini体系

李继存 2016-10-1 09:13

VMD是一个分子可视化程序, 它采用三维图形技术以及内置脚本来对生物大分子体系进行展示, 动画制作和分析. VMD官方网站 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ . 在本模块中, 我们会介绍一些与粗粒化体系可视化相关的VMD命令. 此外, 我们还向读者提供一些有助于CG体系可视化的Tcl脚本. 这些脚本及其说明文档可从Marti ...

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Martini粗粒化力场使用手册：4　实例教程

李继存 2016-9-29 10:45

总论 发布: 2016-09-28 11:03:17; 翻译: 李彻; 校对: 李继存 本教程练习旨在帮助你熟悉如何使用GROMACS进行基础或更高级的粗粒化模拟, 主要针对半经验的MARTINI模型. 教程假定你已熟悉GROMACS的使用; 对于如何使用GROMACS, 具体力场以及运行参数等的说明, 我们建议你参考GROMACS用户手册及其 官网 . 我们的网上有一个 ...

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分子片段分析

李继存 2016-9-24 09:31

2016-09-23 20:15:59 在涉及固体和液体的计算中, 一个体系中通常会包含多个相同的分子. 这些分子加入时使用的方法不同, 其原子的排列次序可能很乱, 相互之间的对应次序也会不同. 而在做计算时, 我们习惯让这些分子按顺序排列, 属于同一个分子的原子依次排列, 而且不同分子间的原子一一对应, 这样在编程处理时会方便很 ...

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自动更新谷歌host文件的简单程序

李继存 2016-9-22 05:33

2016-09-21 16:17:05 我以前就说过, 在中国做科研要求最高 , 各种技能都要有, 科学上网就是其中之一. google时不时会抽风, 无法预料. 解决方法很多种, 其中最简单的就是改host文件, 使用最新可用的google hosts文件. 网上一直有人在更新这种文件, 其中一个是 https://github.com/racaljk/hosts . 这里提供的google h ...

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GROMACS如何做之膜模拟

李继存 2016-9-20 10:23

原文链接 2016-09-19 21:11:59 翻译: 刘恒江; tcl代码: 刘胜堂; 补充整理: 李继存 运行膜模拟 GROMACS用户在运行双脂质层模拟时往往会遇到各种问题, 尤其是体系中还包含蛋白质的时候. 推荐模拟双脂质层和膜蛋白的用户参考教程 KALP-15 in DPPC . 对膜蛋白体系完成一次模拟需要执行下列步骤: 选择一个能用于蛋 ...

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Martini粗粒化力场使用手册：2　常见问题

李继存 2016-9-1 22:39

一般性问题原文更新于 Wednesday, 26 March 2014 12:54发布于 2016-08-31 15:27:03 翻译: 范新宇; 校对: 李继存 如果我想前往格罗宁根市(Groningen)学习使用Martini, 我需要担心气候吗? 不必担心, 气候适宜. 前往格罗宁根市的访学有财务支持吗? 最好是申请一个短期的基金资助, 比如从EMBO项目, 或从你们当地政府来申 ...

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Martini粗粒化力场使用手册：1　Martini简介

李继存 2016-9-1 22:38

原文更新于 Friday, 19 August 2016 13:07发布于2016-08-31 15:26:13 翻译: 黄建湘; 校对: 李继存 Martini力场是一种适用于生物分子体系分子动力学模拟的粗粒化(CG, coarse-grain)力场, 该力场采用系统化的方式进行参数化, 结合了”自上而下”和”自下而上”两种拟合策略: 非键相互作用基于再现大量化合物在极性和非极性溶 ...

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