第一性原理计算学习资料链接大全

郭令举 2020-4-14 13:45

第一性原理计算学习资料链接大全 一、晶体结构数据库和检索工具 （1） ICSD – the Inorganic Crystal Structure Database，无机晶体数据库。 http://www2.fiz-karlsruhe.de/icsd_home.html （2） CCDC – The Cambridge Crystallographic Data Centre，剑桥晶体数据库 ht ...

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VESTA 打开CONTCAR显示白板的问题

郭令举 2020-4-10 17:05

VESTA 打开CONTCAR显示白板的问题 问题： 使用VESTA打开CONTAR，显示白板，但是坐标是可以读出来的。 解决方法： 用文本编辑器打开CONTCAR 把后面的0.000000000000E+00都删除掉。再重新用VESTA打开，就正常了。 Enjoy！ (运行环境：window10 1909，VESTA& ...

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VASP 6.1.0 Hybrid openMPI/openMP parallelization（混合并行）学习体会

郭令举 2020-2-15 11:11

VASP 6.1.0发布了，其中有一项重要的升级是支持OpenMP和openMPI混编。 这就要从硬件和软件两方面来理解这个问题，vaspwiki给出了一个解释 。 大体的意思是这样，我们现在使用集群来并行计算，首先选择了n个节点，然后每个节点又选择了m个核，就构成了我们实际使用的总核数为T=n*m。这就牵涉到两个通讯过程，一 ...

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介绍QVASP在表面吸附计算中的一个小技巧

郭令举 2020-1-24 17:25

计算表面吸附分子体系的时候，我们会构建一个表面，然后把分子放在这个表面上的不同位点上，构建出一系列的结构，然后提交到VASP里面去计算，最后我们需要找到最低能量结构的吸附结构，然后再做进一步的分析使用。 QVASP 提供了一个快速的在若干个文件夹里，读取每个结构的能量的方法，处理这类问题非常方便。 比 ...

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[转载] 【VASP实用脚本】 Material Studio一键获取POSCAR（可固定原子）的方法

郭令举 2019-9-27 17:45

脚本： xsd2pos.pl 下载： xsd2pos.pl 语言： Perl 功能： 将Material Studio中建立的后缀名为xsd的文件直接转换为可供VASP使用的POSCAR 作者： 武汉理工大学赵焱课题组 使用方法： Material Studio中建模，需要固定的原子也固定好；我使用一个非常常见的An ...

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非绝热分子动力学计算软件程序包Hefei-NAMD公开

热度 1 郭令举 2019-4-13 22:32

针对凝聚态体系中激发态动力学问题，中国科技大学赵瑾教授课题组开发了非绝热分子动力学计算软件程序包Hefei-NAMD，该程序能够从时间、空间、动量与能量等多个尺度对激发态载流子的动力学进行描述，可以用来研究激发态载流子与声子、极化子、缺陷、边界等的相互作用。该程序的发展将对 ...

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