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切蛋白质分子,用牛刀能切出什么?
热度 2 周耀旗 2022-2-8 10:22
导读: 俗话说杀鸡不用牛刀。假如用了牛刀,无论从哪里下刀,即一刀两断,这两块也无法自我组合满血复活,除非在恐怖片里;但是如果有医生在场紧急缝合,也许可以复活。在分子生物里面,一刀切向蛋白质所形成的两段,有“医生”帮助下能够复活的叫做辅助互补片段;在恐怖片中自我复合复活的叫做自我互补片段。我们课题 ...
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拜托,AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展!
热度 4 周耀旗 2021-8-28 09:12
昨天,几个科普公众号轰炸了朋友圈,下面是几个例子: “Science封面重磅:新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条; “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑,斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构,论文为Science当期封面|专访”—DeepTech;“AI预测RNA结构登上Science封面,论文一作已成立药物 ...
个人分类: 科技推广|7202 次阅读|6 个评论 热度 4
AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的?
周耀旗 2021-7-17 15:48
导读:2009年,我在马剑鹏 教授 所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3:蛋白质的三维结构?》( What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ) 的报告。现在, 这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用 端 ...
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SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测
周耀旗 2021-5-29 20:27
导读: 许多疾病(包括癌症)跟非编码 RNA 相关,但是我们对它们的了解甚少,因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解,就没有彻底解决疾病的手段,所以通过计算来预测RNA结构,大幅度提高其精度势在必行。长期以来,RNA结构的预测集中在二级结构 ...
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BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法
周耀旗 2021-5-19 09:43
导读 :蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求,计算预测成为必须。蛋白质结构预测难,RNA结构预测更难,而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者,詹剑博士和 我 为通讯作者,与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...
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百度的螺旋桨RNA结构预测竞赛,预测的不是RNA结构
周耀旗 2020-12-25 11:23
今天在朋友圈无意发现百度正在组织螺旋桨RNA结构预测竞赛的新闻,而且12月20日就开始注册了,并且把我们最近的一个工作(Nature Communications 10, 5407 (2019))作为学习材料,算是小惊喜。 在 deepmind公司的AlphaFold于 2018年 蛋白质结构预测一炮打响的推动下,国内外多个科技大公司如百度、阿里、腾讯、华为、微软 ...
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平地惊雷:AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题?
热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44
平地一声惊雷,Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛(CASP14)中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测,把学术界的预测远远甩在后面,不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误,而另外一些结构,预测 ...
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产业是怎么颠覆的?读埃隆·马斯克传有感
热度 2 周耀旗 2020-10-15 10:19
2011年10月苹果公司的乔布斯英年早逝,我专门写了一个博文 《一代天骄,乔布斯汗》 ,感叹他会不会成为千代绝响。没想到那时候就已经有了一个身兼三职(SPACE-X, Tesla,和SolarCity)、毁誉参半、饱受争议的人叫埃隆·马斯克。在最近几年,他领导下的SPACE-X和Tesla克服了重重困难而凤凰涅槃,可以说至少颠 ...
个人分类: 科技推广|9376 次阅读|6 个评论 热度 2
从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构
热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57
序列决定结构,结构决定功能,这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因,因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了,有了结构才能想方设法去修理,去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...
个人分类: 科技推广|6680 次阅读|2 个评论 热度 2
打破RNA二级结构预测精度的天花板
周耀旗 2019-11-28 13:37
在生命体系里,RNA长期以来被认为是蛋白质的小弟,因为除了转运RNA(tRNA),核糖体RNA(rRNA),把信使RNA(mRNA)按照DNA指定合成特定的蛋白质之外,以后就没有RNA的什么事了。只有各种蛋白质,才是忙上忙下,包揽一切的万能手。但是,近年来越来越多的实验表明RNA似乎无处不在、无所不能,有用于RNA修饰的(例如snRNA, ...
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GMT+8, 2022-5-26 03:38

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