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RNA语言模型也来了!
热度 2 周耀旗 2023-11-10 21:09
最近语言模型ChatGPT在回答各类问题的范围、深度和准确度上的革命性进展,掀起了开发通用大语言模型的热潮。与此同时,这些语言模型在生物高分子蛋白质上的应用也在不断深入,已经有二十多个不同规模、不同应用的模型问世,在蛋白质结构和功能预测、以及蛋白质设计上发挥出越来越大的作用。与有20个氨基酸组成的蛋白 ...
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万圣节露面的AlphaFold3,是trick还是treat(是给糖还是捣蛋)?
周耀旗 2023-11-2 14:41
每年10月31日是西方的万圣节(Halloween),小朋友都喜欢在这个节日里打扮成各种各样的妖魔鬼怪,去邻居家门口大喊:“trick or treat (给糖还是捣蛋) ?”。今年万圣节,Google Deepmind公司联合新成立两年的、从Deepmind独立出来的公司Isomorphic Labs共同发布了新一代AlphaFold模型: AlphaFol ...
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[转载]3=1+2:分割是如何攻克蛋白质结构预测的?下一步将走向何方?
周耀旗 2023-10-19 10:06
导读:近日,深圳湾实验室周耀旗课题组在 National Science Review 上发表综述展望: “3=1+2: How the Divide Conquered de Novo Protein Structure Prediction and What is Next? ”(3=1+2:分割是如何攻克蛋白质结构预测的?下一步将走向何方?),作者用通俗易懂的比喻讲述了 AlphaFold 的来龙去脉。 自从 ...
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ChatGPT来了,到底来了什么?科学家该怎么办?
热度 10 周耀旗 2023-2-12 15:33
ChatGPT 的出现,似乎颠覆了机器人回答各类问题的范围、深度和准确度,在 2 个月内用户达 1 亿,打破了抖音 9 个月破亿的记录,通过了律师、程序员、医师等考试,并且撼动了搜索公司们在搜索方法上二十多年来“躺平”的局面:微软推出了结合 ChatGPT 的 Bing ,谷歌推出 ...
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AI的光辉还没有照亮RNA结构预测:CASP 15比赛结果详解
周耀旗 2022-12-12 19:50
导读 : RNA 结构预测可能比蛋白质结构预测更重要,因为核酸药物、靶向 RNA 小分子药物的开发都需要 RNA 结构预测;对于基础研究来说就更重要了,如果没有结构的信息来引导,我们对人体内的绝大多数非编码 RNA 都一无所知。今年暑假, CASP 15第一次对 RNA 结构预测进行了 比赛,比赛结果在今天 12月 12 ...
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为什么姜还是老的辣:CASP 15蛋白质结构单体预测结果分析
周耀旗 2022-12-11 18:18
2022年最新一轮的蛋白质结构预测比赛(CASP15)的结果在12月10日-13日的会议中将陆陆续续的公开。在CASP网站上,已经公布了蛋白质单体结果预测结果的排名。前三名分别是山东大学杨建益为首的Yang-Server,密歇根大学Wei Zheng, Qiqige Wuyun,和Pete ...
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痛并快乐着:蛋白质结构预测的边角故事
周耀旗 2022-7-20 10:46
导读 :2020年底,AlphaFold2在蛋白质结构预测的CASP比赛中实现了高精度预测,使得一个平时默默无闻的小众学科变成了家喻户晓的明星。 AlphaFold的成功 是结构预测这个领域多年来的量变所导致的质变。其中二个重要的量变是从预测分类转变到预测连续的边和角(原子间距离和二面角)。这里,我主要讲讲首先实现的连续 ...
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切蛋白质分子,用牛刀能切出什么?
热度 2 周耀旗 2022-2-8 10:22
导读: 俗话说杀鸡不用牛刀。假如用了牛刀,无论从哪里下刀,即一刀两断,这两块也无法自我组合满血复活,除非在恐怖片里;但是如果有医生在场紧急缝合,也许可以复活。在分子生物里面,一刀切向蛋白质所形成的两段,有“医生”帮助下能够复活的叫做辅助互补片段;在恐怖片中自我复合复活的叫做自我互补片段。我们课题 ...
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拜托,AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展!
热度 4 周耀旗 2021-8-28 09:12
昨天,几个科普公众号轰炸了朋友圈,下面是几个例子: “Science封面重磅:新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条; “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑,斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构,论文为Science当期封面|专访”—DeepTech;“AI预测RNA结构登上Science封面,论文一作已成立药物 ...
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AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的?
周耀旗 2021-7-17 15:48
导读:2009年,我在马剑鹏 教授 所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3:蛋白质的三维结构?》( What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ) 的报告。现在, 这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用 端 ...
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