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[转载]NCBI批量下载数据

已有 4636 次阅读 2020-7-28 10:36 |系统分类:科研笔记|文章来源:转载

参考

http://www.360doc.com/content/18/0209/21/33459258_729016495.shtml



要下载数据还是用:

Batch Entrez微生物基因组批量下载:

1、根据登录号

① 将登录号整理成一个List文件

② 登陆网址Batch Entrez(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez),将准备好的登录号文件(如下左图)上传至该网站,点击“Retrive”获取目标格式文件。

③ 跳转到统计界面,共搜索到8327条序列,点击“UID”

④ 点击“Send to”可选择批量下载核苷酸序列、氨基酸序列以及gbk文件等。

2、根据物种名

① 登陆Browse网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse/#!/overview/

② 根据物种对网站筛选条件进行限定,点击“Download”下载筛选后的物种信息统计表

③ 整理下载后表格,用Excel自带的“分列/替换”功能对下图高亮列处理,提取物种基因组登录号,重复上述根据登陆号下载基因组的步骤。



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