PDB文件详解

袁曙光 2009-12-23 21:29

PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章，结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释： REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。 CRYST1 (NMR除外) 该记录 ...

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Discovery Studio 2.1 模块功能介绍 zz

袁曙光 2009-12-22 04:19

Discovery Studio 2.1 模块功能介绍 个人电脑上的全新分子建模环境，专业的生命科学分子模拟软件 Discovery Studio (简称DS), 基于Windows/Linux系统和个人电脑、面向生命科学领域的新一代分子建模和模拟环境。它服务于生命科学领域的实验生物学家、药物化学家、结构生物学家、计算生物学家和计算化学家，应用于 ...

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Modeling 中的“氢”，你注意了吗？

袁曙光 2009-12-20 17:07

在建模或者docking过程中，氢原子特别是非极性的氢原子往往不被大家所考虑，因为很多人认为蛋白的骨架确定了，这些氢的位置也就确定了，没必要去考虑。以前我也这么想，没有太多地去管它。但最近处理最近的课题的时候，让我改变了这个看法。 由于建模后的模型要用来做分子对接，所以对活性位点口袋残基测链 ...

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分子力场简介 来自wiki百科

袁曙光 2009-12-18 22:17

分子力场 根据 量子力学 的 波恩-奥本海默近似 ，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的 ...

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推荐一个非常专业的PDB分子显示软件：Chimera

热度 4 袁曙光 2009-12-17 04:03

大家对于PDB等格式的分子显示都习惯用Pymol，因为pymol比较简单，容易上手。呵呵，符合现代人懒惰的思想。虽然这样懒惰的操作也可以绘制出不错的图片，但看了chimera的作图效果后，一定会让不少人感到惭愧。 以下内容来自Chimera官方网站： http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/ Chimera当前最新版本是1.4,支持的平台 ...

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pymol 知道多少？pymol技巧汇总（内附PDF手册）

袁曙光 2009-12-17 03:12

pymol官方PDF手册 基本命令 （也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单） pwd # show current directory dir # list file in the current directory ...

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Docking软件大比拼

热度 2 袁曙光 2009-12-10 03:02

最近一直忙于一些软件的docking测试工具，目的是想了解下到底这些形形色色的对接软件效果如果。当然测试的结构大部分都是和自己课题相关的，基本上都是基于糖作为底物的对接测试，结果以与晶体结构的RMSD来作为衡量标准。先一起回顾下这些docking软件的基本小常识 Glide is a fast and accurate docking program tha ...

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RMSD小常识

袁曙光 2009-12-9 17:14

昨天，和朋友一起讨论同源建模的问题。他告诉我说，建模的结果于模板之间的RMSD是0.347....当时就觉得有点奇怪，他是怎么计算这个数值的。所以这里一起讨论下RMSD 先看看RMSD的计算公式（转自http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_deviation_(bioinformatics)） RMSD(RootMeanSquaredDeviat ...

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同源建模的优化问题

热度 1 袁曙光 2009-12-4 22:10

貌似很多人都对同源建模的优化感到困惑，我也一样。今天上午跟老板一起讨论下这个问题（因为读博刚进实验室没多久，所以经验不一定很多，所以这里只是和大家一起分享下我们实验室的经验），感觉收获很多。 一般在同源建模的时候，初始的模型是非常重要的，这里大家最常用的工具是modeller或者DS。其中modeller大部分人 ...

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