在建模或者docking过程中，氢原子特别是非极性的氢原子往往不被大家所考虑，因为很多人认为蛋白的骨架确定了，这些氢的位置也就确定了，没必要去考虑。以前我也这么想，没有太多地去管它。但最近处理最近的课题的时候，让我改变了这个看法。

由于建模后的模型要用来做分子对接，所以对活性位点口袋残基测链的要求比较高。在Modeller生成初始模型后，试图讲GLU198调整到模板类似的位置，因为对于这一类蛋白而言，在这一位置的残基构象和相对位置是非常保守的。但手动调整后，加氢对模型检查，发现GLU198侧链上的氢与临近的PRO231存在过近接触（蓝色模型）：只有2.2A。由于PRO231处在一段loop区域，所以对loop优化，改善PRO231的位置，可能可以达到优化GLU198的目的。

所以在modeller中对PRO231所在的loop进行了优化，得到了黄色的模型。这个时候再将GLU198进行调整。发现GLU198和PRO231的位置已经非常合理了，保守残基的氢键network也和模型非常一致。

比较前后GLU198的位置，其实只有1.5A的差别。有人可能会问：有必要这么大动干戈吗？

我的回答是：有！

Docking是一项比较“精细”的工作，MD与之相比则显得要粗糙很多，当然不需要考虑这么多细节问题。把loop优化过后的模型和优化前的模型做分子对接（loop本身与ligand没有相互作用，主要是GLU198），结果完全两样。其中loop优化过后的模型docking结果与模板复合物的x－ray结构非常相似。有时候我们可以看到一些docking例子，残基旋转10度，docking结果也是千差万别。所以在docking的时候，很有必要考虑这些小细节，包括活性位点的非极性氢原子。有时候能给我们意外的收获。