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办公工具| 高通量| 分子生物学| 生物信息|

生物信息小软件：本地BLAST: 张左兵 2021-6-11 17:31; 高通量测序后会获得很多序列，一般公司都会进行注释，但是如果参考基因组或参考序列注释不完整的情况下，往往需要我们开展本地blast。NCBI的BLAST+是常用的程序，但是需要输入参数和语言。实践证明，这会将N多人挡在门外。为此，利用python语言特编写了一个小程序，以方便使用。 &nb ...; 个人分类: 高通量|3907 次阅读|4 个评论

小程序：从已注释的转录组数据中查找特定的基因并复制相关的信息: 张左兵 2020-8-31 13:26; 为了批量从已注释的转录组数据中查找特定的基因并复制相关的信息，利用python语言，本人编写了1个小程序，只要输入关键字即可完成批量查找及复制，并且可以完成将基因的序列从测序的fasta文件中也copy出。本小程序还适用于从某.xlsx文档中找出含有某关键字的所有行内容，由于程序包比较大，所以分拆 ...; 个人分类: 高通量|2963 次阅读|1 个评论

批量从转录组数据FKPM文件中拷贝出已知序列的信息: 张左兵 2020-8-24 15:52; 已知感兴趣基因的序列号，想从储存在FKPM的xlsx文档中将该基因的相关信息拷贝出来，是件简单的事情。但是，当感兴趣的基因有很多的时候，工作量就会很大，重复的机械性copy操作也比较容易出问题，尤其是疲惫的时候。为此，本人利用python程序，写了个小程序，由于程序打包后比较大 ...; 个人分类: 高通量|1526 次阅读|1 个评论

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