[转载]安装R包时设置国内镜像

赵磊 2019-3-1 09:45

options(repos=structure(c(CRAN= https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ ))) install.packages( ggplot2 ,dependencies= TRUE ) 1、 http://mirrors.opencas.cn/cran/ 中国科学院大学(Chinese Academy of Sciences ...

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ABI solid 5500 color space 测序格式文件处理

赵磊 2018-12-3 18:05

在网上下载的ABI平台测得 color space 格式的fastq。 bowtie1支持此种格式的alignment, 但是在用tophat2 调用bowtie1比对时，老是报错。 后来换了tophatv1.3.2 bowtie0.12.7.0 才可以正常运行出结果。 在准备bowtie index 文件时需要 用bowtie-build -C 参数来生成针对color space格 ...

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没有root权限，如何更新/lib64/libstdc++.so.6 文件版本

赵磊 2018-11-9 18:45

在用R library（edgeR）时，有时会遇到报错/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.20' not found 这是GCC版本的问题，我们下载一个新版本的GCC即可得到GLIBCXX_3.4.20 版本的libstdc++.so.6。 但是R直接调用的是/lib64 里面的libstdc++.so.6， 没有root权限的用户没法将新的版本放进去。 此时可以 vi .ba ...

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limma包安装

赵磊 2018-11-9 14:40

source( https://bioconductor.org/biocLite.R) biocLite(limma)

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相见

赵磊 2018-10-19 15:43

绚烂在柔和的春天， 像云朵般纯洁的脸， 远方的少年， 却听不到你的呼唤， 姗姗来迟的我， 看到的只是你疲倦的微笑 和莹莹闪动的眼 秋风瑟瑟 隐去了热烈而多情的夏天 我不曾出现， 你却已走远

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