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在网上下载的ABI平台测得 color space 格式的fastq。 bowtie1支持此种格式的alignment, 但是在用tophat2 调用bowtie1比对时,老是报错。 后来换了tophat v1.3.2 bowtie 0.12.7.0 才可以正常运行出结果。
在准备bowtie index 文件时需要 用 bowtie-build -C 参数来生成针对color space格式的索引。
再用tophat时先利用 sra_to_solid 命令将fastq 文件稍微处理一下,就是除去fastq质量值那一行的第一个叹号。 sra_to_solid 1.fq >2.fq
然后运行tophat
tophat-1.3.2.Linux_x86_64/tophat -C -o . bowtie_colorspace_index/GRCH38 2.fq
后续就可以利用目前ILLUMINA 常用的软件进行后续分析了。
但是后续如果想用RSEM 来计算表达量,输入tophat生成的bam文件老是报错,RSEM currently does not support gapped alignments, sorry! 可能是在tophat上调用的bowtie参数和RSEM想要的不对应。
干脆直接用bowtie 进行比对: 注意:如果后续要用RSEM_calcuate_expression 计算表达量, bowtie要先对resm-prepare-reference 中生成的转录本序列建索引 。
然后在用 bowtie将reads比对到转录本序列上,而不是基因组序列上。
bowtie -C -S human_gencode.transcripts.fa test.fastq >test1.sam
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GMT+8, 2024-10-19 21:47
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