博文
- 跟微生物组有关的商业公司
- 国外的公司 Seres Therapeutics ： http://www.serestherapeutics.com SECOND GENOME： http://www.secondgenome.com/solutions/go/microbiome-profiling/?gclid=CMCx6dawm84CFQqPfgodsr8GlQ Vedanta Biosciences ： http://www.vedantabio.com assembly biosciences： http://www.assemblybio.com/R ...
- pandaseq在linux环境下的安装
- 根据 https://github.com/neufeld/pandaseq/wiki/Installation 提示， 1）先在linux服务器上进行yum install zlib-devel bzip2-devel libtool-ltdl-devel libtool，其中libtool-ltdl-devel提示不存在这个包，暂时没管它； 2）执行./autogen.sh，出现提示 AM_PRO ...
- 关于16s扩增区域选择的文章
- 文章： Primer and platform effects on 16SrRNA tag sequencing 杂志：Frontiers in Microbiology 2015 研究方案：three different amplification primer sets (targeting V4, V6–V8, and V7–V8)三个区域 、two sequencing technologies (454 pyrosequencing and Illumina MiSeq) ...
- 微生物数据的可视化工具
- 文章： EMPeror: a tool for visualizing high-throughput microbial community data 2013 （ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24280061 ）
- 文章Persistent gut microbiota immaturity的内容解读
- 文章： Persistent gut microbiota immaturity inmalnourished Bangladeshi children 杂志：Nature 2014 研究目的： The relationships between the type of nutritional intervention, the gut microbiota, and therapeutic responses are unclear. 对于 severe acute malnutrition（SAM）、 moder ...
- 文章Early life establishment of site-specific microbial.解读
- 文章： Early life establishment of site-specific microbialcommunities in the gut 杂志：Gut Microbes 2014 研究目的： To assess the stratification of microbes in the newborn gut and to evaluate the probable shortcoming of fecalsampling in place of tissue sampling 比 ...
- LEfSe的介绍
- 热度 1
- 参考文章： Metagenomic biomarker discovery andexplanation 杂志：Genome Biology 2011 此工具目的在于metagenomic biomarker discovery，具体的原理如下图： 主要分为3个步骤，输入的数据是m个样本，每个样本有n个属性。 Figure illustrates in detail the for-mat of the input ...
- 文章Dynamics of Infant Gut Microbiota...的内容解读
- 文章：Dynamics of Infant Gut Microbiota Are Influenced by Delivery Modeand Gestational Duration and Are Associated with Subsequent Adiposity 杂志：MBio 文中一些观点的考虑： 1）At birth, human infants start accumulating intestinal microbiota until a relatively stable state ...
- Wilcoxon signed-rank test与Mann–Whitney U test
- 参考资料： https://en.wikipedia.org/wiki/Wilcoxon_signed-rank_test https://en.wikipedia.org/wiki/Mann–Whitney_U_test https://explorable.com/mann-whitney-u-test 在统计学中，当数据符合正态分布、方差齐性时，常用参数检验，如u检验、t检验等，但当数据不符合正态分布或方 ...
- 生物信息推荐的一些工具网站
- 热度 2
- http://www.mybiosoftware.com/biology-software-list 总结了很多生物信息分析的工具 http://omictools.com 此网站总结了NGS、Microarray、Mass spectrometry、NMR等不同数据的处理工作，而且结合应用方向和用途对工具进行了归类，非常cool（自己很长时间一致想做的一个网站）
