博文
- HMP-MetaORFA
- 文章：An ORFome assembly approach to metagenomics sequences analysis 杂志：J Bioinform Comput Biol 年份：2009 宏基因组组装的挑战： 1） metagenomics projects often apply NGS technique, and produce shorter reads . As a result, many short repeats may increase the complexity of t ...
- HMP－Metagenomic Pyrosequencing and Microbial Identification
- 文章： Metagenomic Pyrosequencing and Microbial Identification 杂志： Clin Chem 年份：2009 80% of bacteria identified by metagenomic sequencing were considered noncultivable.（80%的菌是不能体外培养的） Pathogen identification in infectious diseases relies mostly on routine c ...
- 多重校正－How does multiple testing correction work
- 文章：How does multiple testing correction work? 杂志：Nature Biotechnology 年份：2009 判断是否存在显著性差异的标准有p-value，False Discovery rate，q-value，此文主要介绍p-value，false discovery rate和q-value之间的关系。 p-value是对单个值的显著性分析， ...
- Metastats的原理解读
- 文章： Statistical Methods for Detecting Differentially Abundant Features in Clinical Metagenomic Samples 杂志 ： PLoS Comput Biol. 年份：2009 原始数据： 数据格式如下，其中具体的值可以是任何要分析的值。原文描述是 the relative abundance of specific features ...
- HMP计划－Metagenomics: Facts and Artifacts, and Computationa
- 文章： Metagenomics: Facts and Artifacts, and Computational Challenges 杂志 ： J Comput Sci Technol 年份：2009 基于next generation sequencing技术，存在metagenomics、16s、 targeted metagenomics。 1）组装及基因预测（Assembly and gene prediction ） ...
- HMP计划的第一读
- 文章： Ethical, legal, and social considerations in conducting the Human Microbiome Project 杂志：Genome Research 讨论了HMP计划的伦理、法律等方面的问题； 样品收集，用了排除法，原则是有可能影响肠道菌群稳定的情况进行了排除： 1） taking specific medications (e.g., antibiotics, immunosuppr ...
- 灵芝的水提物对小鼠肠道菌群的影响
- 文章： Ganoderma lucidum reduces obesity in mice bymodulating the composition of the gut microbiota 杂志：Nature Communication 研究方案： 1）8周龄的小鼠随机分成6组，每组5-7只小鼠；分别是正常饮食（chow）、正常饮食加8%的灵芝水提物（chow＋8%WEGL）、高脂饮食（HFD）、高脂饮食加2 ...
- 数据分析在身边
- 大数据一词越来越火，现在都到“烂”的地步，不提这词感觉跟不上这个时代。一直在比较以前的数据分析跟现在提到的大数据分析，到底有什么样的联系。此篇博文做一个记录： 打开新浪或者腾讯新闻，看见这样的新闻： 第一个维度 肯定有人会去点击查 ...
- Counsyl的模式与技术
- 早上浏览新闻，看到2015 MIT Technology Review评选出的“2015年度全球创新企业20强”，发现排名第五的是提供个人基因检测的一家叫“Counsyl”的公司。在这个行业的原因，去主页上（ https://www.counsyl.com ）查阅了它的相关信息，记录下基本的了解。 第一、购买模 ...
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