生物信息分享 http://blog.sciencenet.cn/u/fhqdddddd

博文

[转载]How to Run TGICL

已有 1977 次阅读 2019-1-28 09:42 |个人分类:生物信息软件|系统分类:科研笔记|文章来源:转载


http://sourceforge.net/projects/tgicl/
A sample LSF script file jobfile  to cluster a EST dataset using TGICL on lewis may include the following lines:
 


tgicl fastdb

where fastdb  the multi-fasta file containing all the sequences to be clustered.
  For more information about the usage of TGICL,  tyep "tgicl -h" on command line or see the "README"  file

Usage:

 Usage:   tgicl <fasta_db> [-q <qualdb>] [-d <refDb>] [-c {<num_CPUs>|<PVM_nodefile>}]      [-m <user>] [-O 'cap3_options']  [-l <min_overlap>] [-v <max_overhang>]      [-p <pid>] [-n slicesize] [-s <maxsize>] [-a <cluster_file>] [-M] [-K]       [-L] [-X] [-I] [-C] [-G] [-W <pairwise_script.psx>] [-A <asm_program.psx>]      [-P <param_file>] [-u <seq_list>] [-f <prefix_filter>] [-D]  Options:      -c : use the specified number of CPUs on local machine          (default 1) or a list of PVM nodes in <PVM_nodefile>   Clustering phase options:      -d do not perform all-vs-all search, but search <fasta_db> against          <refDb> instead; exit after the pairwise hits are generated      -n number of sequences in a clustering search slice (default 1000)      -p minimum percent identity for overlaps <PID> (default 94)      -l miminum overlap length (default 40)      -G store gap information for all pairwise alignments      -v maximum length of unmatched overhangs (default 30)      -M ignore lower-case masking in <fasta_db> sequences      -W use custom script <pairwise_script.psx> for the distributed          pairwise searches instead of the default: tgicl_cluster.psx      -Z only run the distributed pairwise searches and exit --         (no sorting of the pairwise overlaps and no clusters generated)      -Y only run the distributed pairwise searches          and the sorted & compressed *_hits.Z file      -L performs more restrictive, layout-based clustering         instead of simple transitive closure   General options:      -I do not rebuild database indices      -s attempt to split clusters larger than <maxsize> based on          seeded clustering (only works if there are 'et|'          or 'np|'-prefixed entries provided in the input file)      -O use given 'cap3_options' instead of the default ones         (-p 93)      -u skip the mgblast searches (assumed done) but restrict          further clustering analysis to only the sequences in <seq_list>      -C (TIGR sequences only) always put in the same cluster all reads          from the same clone      -t use <clone_list> file to put in the same cluster all sequence names         on the same line      -a assemble clusters from file <cluster_file>        (do not perform any pairwise clustering)      -f keep only sequence names with prefix <prefix>      -K skip the pairwise searches, only recreate the clusters         by reprocessing the previously obtained overlaps      -X do not perform assembly, only generate the cluster file      -A use custom script as the slice assembly script          (instead of tgicl_asm.psx)      -P pass the <param_file> as the custom parameter file          to the assembly program <asmprog.psx>




https://blog.sciencenet.cn/blog-299308-1159475.html

上一篇:[转载]EST序列拼接流程

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-7-3 17:11

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部