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GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇，SNP解释百分比之和为何大于1？: 邓飞 2021-12-22 19:51; 关于GWAS分析中PVE的计算方法：我查了一下，大体计算PVE的方法有三种：第一种回归分析或者方差分析的方法，计算R方（GLM模型），第二种是根据effect，se，maf计算PVE，第三种是根据LMM的矩阵构建计算PVE。汇总如下：所以准备研究一下。先看一个常见问题：GWAS分析中，SNP解释百分比（PVE）之和为何大于1？问题 ...; 个人分类: GWAS|2979 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值2--LMM计算BLUE值: 邓飞 2021-12-12 10:15; 本节，介绍如何使用R语言的lme4包拟合混合线性模型，计算最佳线性无偏估计（blue） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注 ...; 个人分类: GWAS|2482 次阅读|没有评论

GWAS计算BLUE值1--计算最小二乘均值（lsmeans）: 邓飞 2021-12-12 10:14; 本节，介绍如何使用R语言的lm拟合一般线性模型，计算最小二乘均值（lsmeans） 1. 试验数据 ❝ 数据来源： Isik F , Holland J , Maltecca C . Genetic Data Analysis for Plant and Animal Breeding. Springer International Publishing, 2017. ❞ 「数据及代码下载，请关注公众 ...; 个人分类: GWAS|3334 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（4/6）：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）: 邓飞 2021-8-22 17:31; 外面下着雨，笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线性模型进行GWAS分析（MLM模型）第六篇：T ...; 个人分类: GWAS|5640 次阅读|没有评论

如何高效学习GWAS分析: 邓飞 2021-8-2 21:13; 大家好，我是飞哥，今天随便聊聊关于高效学习一个新事物。工作了一天，开了半天的会，敲了半天的代码，典型的周一呀！话说前几天我的公众号关注人数超过了一万，非常感谢大家的支持。我之前分享了一篇GWAS的电子书，阅读量超过了1万，历史最高。这个1万，那个1万，感觉比2万的金钱对我的激励更大。其实，GWAS分析 ...; 个人分类: GWAS|4998 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（3/6）：基因型数据可视化：kingship，PCA，MDS: 邓飞 2021-7-25 19:29; 第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 笔记计划分为六篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS，PCA 第四篇：一般线性模型进行GWAS分析（GLM模型）第五篇：混合线 ...; 个人分类: GWAS|4971 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（2/6）：对基因型数据进行质控及导出基因型: 邓飞 2021-7-25 19:28; 使用TASSEL学习GWAS笔记（2/6）：对基因型数据进行质控及导出基因型昨天，我介绍了TASSEL的安装和读取plink基因型数据，使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据这里，我们查看一下基因型数据导入后，如何对数据进行质控。 1. 导入后的基因型文件导入后的基因型数据： 2. 对基 ...; 个人分类: GWAS|4675 次阅读|没有评论

使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据: 邓飞 2021-7-25 19:27; 使用TASSEL学习GWAS笔记（1/6）：读取plink基因型数据和表型数据今天整理一下TASSEL操作GWAS的笔记。笔记计划分为四篇：第一篇：读取plink基因型数据和表型数据第二篇：对基因型数据质控：缺失质控，maf质控，hwe质控，样本质控第三篇：基因型数据可视化：kingship，LD，MDS 第四篇：一般线性模型进行 ...; 个人分类: GWAS|6292 次阅读|没有评论

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