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孟德尔抽样误差和基因组选择
邓飞 2021-10-26 20:27
先说一个现象:一龙生九子,九子各不同。是什么原因造成的? ❝ 龙生九子,汉语成语,读音是lóng shēng jiǔ zǐ,意思是多用来比喻同胞兄弟的各有所长,出自《玉芝堂谈荟·龙生九子》。 ----百度百科 ❞ 传统遗传学的理由:基因重组 数量遗传学的理由:孟德尔抽样 所以, 什么是 ...
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一文讲清遗传相关
邓飞 2021-6-18 21:37
一些育种的基本概念,需要看教科书理解一下。这次我学习教科书,加深对相关概念的理解,最后用实际数据演示一下如何计算遗传相关及显著性。 「参考书:」 Raphael A.Mrode编著,于向春 张豪 主译《线性模型在动物育种值预测中的应用》 第三版 陈国宏, 张勤. 动物遗传原理与育种方法 . 中国农业出版社, 2009. ...
个人分类: 数量遗传学|1462 次阅读|没有评论
亲缘关系推断软件:king
邓飞 2021-6-14 22:00
❝ 今天是端午节,放假了几天,除了分析一个紧急的项目,基本处于放空状态。没有工作,没有动脑。主要内容是遛娃,吃饭,睡觉。下午回来,放空几天的大脑开始回归,想起自己好久没有发文了,介绍一款亲缘关系推断的软件: king ❞ 1. 亲缘关系推断重要性 育种中,判断亲子关系,判断全同胞半 ...
个人分类: 数量遗传学|1932 次阅读|没有评论
线性混合模型学习笔记2:公式解释
邓飞 2020-9-12 10:11
上一章节中(http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1195363.html),我们介绍了混合线性模型中的模型假定,这一章节,用一个动物育种的示例,介绍固定因子,随机因子以及相关矩阵的推导,明确什么是G矩阵,什么是R矩阵,以及他们和方差组分的关系。直和和直积也是重要的概念,特别是多个随机因子以及随机因子有互作时, ...
个人分类: 数量遗传学|4171 次阅读|没有评论
为什么体型比星座更能影响性格?
邓飞 2019-10-26 22:03
1. 体型分为哪几种? 这个有很多流派,介绍一下克雷奇米的理论,把体型分为四种: 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型,具有狂躁气质,高血压,高血糖 瘦高型,具有分裂气质,精神分裂,自我封闭 强壮型,具有黏着气质,冲动,癫痫症 发育异常型,抑郁气质,抑郁症 换句话说,胖子十有八 ...
个人分类: 数量遗传学|2313 次阅读|没有评论
asreml 设定初始值 固定初始值
邓飞 2019-7-23 21:58
1. 背景 一个朋友问我,如何固定asreml的初始值,现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值: 1,由于群体较小,估算的方差组分不准确,需要手动设定初始值,直接进行求解 2,有些群体数据,估算方差组分不收敛,需要手动固定初始值 为何要设定初始值: 1,从头进行估算,模型运行时间较长,根据先验信 ...
个人分类: 数量遗传学|1569 次阅读|没有评论
可以做structure的R语言包:LEA
邓飞 2019-5-29 20:33
关于分群的软件,之前写了 structure 2.3.4 软件使用指南 ,软件虽然有windows版本,但是操作太麻烦了,也写了 Admixture使用说明文档cookbook ,但是只有Linux版本,使用起来有难度。难道不能使用R语言进行structure绘图么?结果来了:LEA! 1. paper LEA: An R package for landscape and ecological assoc ...
个人分类: 数量遗传学|3628 次阅读|没有评论
DMU在windows下安装测试—外篇1
邓飞 2019-5-11 19:31
1. 下载地址 下载地址: http://dmu.agrsci.dk/ 64为电脑安装 DMUv6-R5-2-EM64T.msi , 32为电脑安装 DMUv6-R5-2.msi 2. 安装DMU 3. 测试DMU是否安装成功 3.1 保存测试数据 #dir.create(d:/ddmu-test)setwd(d:/ddmu-test/)library(devtools) install_github(dengfei2013/learnasreml)l ...
个人分类: 数量遗传学|3864 次阅读|没有评论
blupf90的无敌与寂寞
邓飞 2019-5-9 17:35
写在最前面 BLUPF90号称遗传评估领域的三剑客之一(另外另个是 ASREML和DMU), 基因组时代的到来, BLUPF90应该是最先开发了支持基因组数据的模块, 并且里面的基因组数据过滤筛选非常友好, 它还有哪些神奇的功能呢? SSGWAS, 之前的GWAS都是基于G矩阵或SNP数据, 现在同时可以利用系谱和SNP信息, 想不想试试SSGWAS呢? PC ...
个人分类: 数量遗传学|2811 次阅读|没有评论

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