2017-04-21 Little frog 生信苑 4. SNP annotation 提取完SNP和InDel后,最关键的是要对这些SNP和InDel的功能注释,功能注释我选择用的是SNPeff,当然你也可以用其他的一些注释工具,SNPeff应该是支持最为广泛的一种。 • SNP annotation use SNPeff SNPeff可以从以下链接下载http:/ ...
2017-04-25 Little frog 生信苑 3. SNP and InDel calling 当我们准备好所有的相关数据后,我们进行SNP and InDel calling。 SNP and InDel calling 我用的是GATK pipeline。 当然也可以samtools直接calling SNP and InDel。 • SNP and InDel calling use GATK pipeline for hardfilter vari ...
1. Preparing data • 1. download reference genome andannotation file • 2. Trim data and data statistic analysis • Fastq -tools for trim data and statisticanalysis, removing out low qualityreads. For example: fastq_quality_trimmer -Q33 -t 30 -l 80 ...