2. Reference index

作为QTL-BSAmapping在准备好数据后，包括样品数据和参考基因组数据，如果没有参考基因组，需要自己用已经测序的数据构建参考基因组，并将自己构建的参考基因组整合到已经发表的遗传图谱上面，方便后面的QTL分析定位，以及整合已有QTL信息。reference index主要考虑的是可能会用到的software。

•1.bwa

•bwa index ref.fa

•2.samtools

•samtoolsfaidx ref.fa

•3.GSNAP

•gmap_build -D path -d name -k 15 -s none ref.fa

•4.picard-tools

java-jar CreateSequenceDictionary.jar REFERENCE=ref.fa OUTPUT=ref.dict