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置顶 · 学习生物信息的第二好教程
2017-7-7 08:15
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频后就直接写程序。也许你可以跟着一个测序分析流程完成操作,但不懂得背后的原理,不知道什么参数需要修改,结果可以出 ...
个人分类: 生物信息|5391 次阅读|没有评论
值得思考,机器学习模型做出的决策是你想要的吗?
陈同 2022-1-26 15:52
分享一篇理论知识,对我们理解和应用模型会有帮助! 区分预测模型和分类模型是很重要的一个事情。在很多决策应用中,分类模型代表着一个“不成熟”的决定,它组合了预测模型和决策制定,但剥夺了决策者对错误决定带来的损失的控制权 (如随机森林中的服从大多数原则, 51 棵树预测结果为 患病49 棵树预测结果为 正常 与 91 ...
个人分类: 生物信息|307 次阅读|没有评论
基因功能不确定?做一下单基因GSEA怎么样?
陈同 2022-1-26 15:52
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括 NGS基础 、 在线绘图 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 ) 、DNA甲基化分 ...
个人分类: 生物信息|361 次阅读|没有评论
一文掌握Conda软件安装:虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移
陈同 2022-1-26 15:51
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括 NGS基础 、 在线绘图 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 ) 、DNA甲基化分 ...
个人分类: 生物信息|420 次阅读|没有评论
JMG | 基因PRKG2的变异导致骨骼表型异常
陈同 2022-1-26 15:48
时间:2021-11-15 单位:英国 NIHR生物医学研究中心 期刊: Journal of Medical Genetics (JMG, IF=6.311) 题目: 多变的骨骼表型 与 PRKG2 双等位基因变异相关 链接:http://dx.doi.org/10.1136/jmedgenet-2021-108027 ...
个人分类: 生物信息|360 次阅读|没有评论
这个转录组比对工具很快,十几分钟一个样品
陈同 2022-1-26 14:41
前面我们做了 STAR基因组索引构建 所需资源的评估,现在我们看下 reads比对 对计算资源和时间的需求。 下载原始测序数据 首先下载获得样品 SRR1039517 的原始测序数据,数据量约为 34 million 长度为 63 个碱基的双端 reads , 总碱基数 4.3 G 左右。具体见 NGS基础:测序原始数据批量下载 。 fastq-dump -v -- ...
个人分类: 生物信息|336 次阅读|没有评论
MEGA | 多序列比对及系统发育树的构建
陈同 2022-1-26 14:39
MEGA是一个用于多序列比对和可视化、以及构建系统发育树的免费程序。自1993年发布以来,MEGA共更新 9个 版本 (没有第八、九版),今年发布的 MEGA 11 为处理更大的数据集进行了优化。 之前我们介绍的DNAMAN和Jalview ( 后文附有链接 )都可以用于多序列比对, ME GA 有一些其它特点, 本篇 ...
个人分类: 生物信息|1474 次阅读|没有评论
一文掌握GSEA通路富集分析,超详细教程!
陈同 2022-1-26 14:37
生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文—— GSEA富集分析:从概念理解到界面实操 ,介绍了 GSEA的定义 、 GSEA原理 、 GSEA分析 、 Leading-edge分析 等,是全网最流行的原理+操作兼备教程,不太了解的朋友可以点击阅读先理解下概念 (为了完整性,下面也会摘录一部分)。 GSEA案例解析 ...
个人分类: 生物信息|1753 次阅读|没有评论
Nature重磅综述|关于RNA-seq,你想知道的都在这(续)
陈同 2022-1-26 14:35
生物信息学习的正确姿势 NGS系列文章包括 NGS基础 、 在线绘图 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 ) 、DNA甲基化分 ...
个人分类: 生物信息|224 次阅读|没有评论
随机森林预测发现这几个指标对公众号文章吸粉最重要
陈同 2022-1-26 14:34
公众号后台记录了发表过文章的各项阅读指标包括:内容标题,总阅读人数,总阅读次数,总分享人数,总分享次数,阅读后关注人数,送达阅读率,分享产生阅读次数,首次分享率,每次分享带来阅读次数,阅读完成率。 我们尝试利用机器学习中的随机森林算法预测下,是否存在某些指标或指标组合可以预测阅读后关注人数。 数据 ...
个人分类: 生物信息|218 次阅读|没有评论
重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 (原理、代码和评述)
陈同 2022-1-26 14:33
▼ 生物信息学习的正确姿势(第三版) NGS系列文章包括 NGS基础 、转录组分析 ( Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这 ) 、 ChIP-seq分析 ( ChIP-seq基本分析流程 ) 、 单细胞测序分析 ( 重磅综述:三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 ( ...
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