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FlowerBase：花卉集成多组学数据库: 张俊鹏 2026-4-4 21:01; FlowerBase ：花卉集成多组学数据库开花植物是全球园艺和花卉产业的基石，而“花卉组学”这一新兴领域对于推动基础植物科学和工业育种都变得不可或缺。这些植物具有巨大的经济意义。 2019 年，仅美国花卉产业销售额就达到了约 138 亿美元。然而，观赏花卉的基因组和多组学资源仍然严重碎片化或仅限 ...; 个人分类: 科普|1236 次阅读|没有评论

mirtronDB 2.0：mirtron数据库: 张俊鹏 2026-4-4 21:00; mirtronDB 2.0 ： mirtron 数据库 mirtrons 是一类通过非经典途径编码的 pre-miRNA ，该途径不依赖于 Drosha 酶。尽管存在 microRNA （ miRNA ）数据库，例如 miRBase 和 MirGeneDB ，但目前还没有专门用于 mirtrons 的资源。现有数据分散在各个出版物中，缺乏标准化和集中管 ...; 个人分类: 科普|1063 次阅读|没有评论

SC-MO-GRN-DB：单细胞多组学基因调控网络综合数据库: 张俊鹏 2026-4-4 20:58; SC-MO-GRN-DB ：单细胞多组学基因调控网络综合数据库基因表达的调控是一个决定细胞如何获得其身份、响应环境信号以及维持其功能的基本过程。转录因子（ TF ）是这一调控的核心，它们识别并结合特定的 DNA 序列来激活或抑制其靶基因（ TG ）。转录因子并非孤立作用，而是在一个相互连接的基因调控网 ...; 个人分类: 科普|1190 次阅读|没有评论

基因调控网络：从相关模型到因果解释: 张俊鹏 2026-4-4 20:57; 基因调控网络：从相关模型到因果解释 “对单个基因的观察永远无法阐明身体计划或身体部分的总体机制，除非在极其微小且总是部分，如果不是完全虚幻的，蠕虫眼观点的水平上。” - Eric H. Davidson 当 Nusslein-Volhard 和 Wieschaus 首次对果蝇胚胎进行系统性的分节突变筛选时，他们揭示 ...; 个人分类: 科普|1138 次阅读|没有评论

anndataR：提升单细胞转录组学中R和Python的互操作性: 张俊鹏 2026-3-29 12:11; anndataR ：提升单细胞转录组学中 R 和 Python 的互操作性在单细胞转录组学领域，存在三个主要的分析生态系统： scverse 、 Seurat 和 Bioconductor ，每个生态系统都定义了自己的内存数据格式。 Bioconductor 使用的 SingleCellExperiment 对象和 Seurat 对象，是用 R 实 ...; 个人分类: 科普|1446 次阅读|没有评论

CellRefiner：重建空间转录组学的单细胞分辨率: 张俊鹏 2026-3-29 12:08; CellRefiner ：重建空间转录组学的单细胞分辨率单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）能够以高通量和高分辨率对单个细胞进行剖析，从而实现基因表达异质性和相互作用的新分析。然而， scRNA-seq 方法需要组织解离，并随后丢失空间信息，这对于研究空间限制的细胞间通讯等生物学过程至关重要。相比之下，空 ...; 个人分类: 科普|1430 次阅读|没有评论

TFBSpedia：人类和小鼠转录因子结合位点数据库: 张俊鹏 2026-3-29 12:07; TFBSpedia ：人类和小鼠转录因子结合位点数据库转录因子（ TF ）是能够结合特定 DNA 序列并作为基因表达激活器（或抑制器）的蛋白质。对于人类，已鉴定出约 1600 种 TF ，而小鼠则拥有约 1200 种已知的此类蛋白质。通常， TF 与其他蛋白质（如 RNA 聚合酶 II ）合作，在启动子 ...; 个人分类: 科普|1390 次阅读|没有评论

miREA：基于网络miRNA定向富集分析: 张俊鹏 2026-3-29 12:05; miREA ：基于网络 miRNA 定向富集分析微小 RNA （ miRNA ）是一类小非编码 RNA ，已被证明参与多种生物学过程和疾病进展。具体而言，它们通过与靶标 mRNA 中的互补序列结合，在转录后水平上调控基因表达，主要通过翻译抑制或 mRNA 降解发挥作用。揭示 miRNA 的功能作用对于理解其 ...; 个人分类: 科普|1222 次阅读|没有评论

利用孪生信息进行基因调控网络推断: 热度 1 张俊鹏 2026-3-21 10:39; 利用孪生信息进行基因调控网络推断单细胞水平的基因活性是动态且可变的，即使在同源细胞群体中也导致分子异质性。这反映了转录动态的潜在随机性 —mRNA 通常在细胞中数量很少，它们计数的差异可能有表型后果。由于 mRNA 的产生主要是在 “ 爆发 ” 而不是恒定速率中进行的，因此这种可变性进一步 ...; 个人分类: 科普|1395 次阅读|1 个评论热度 1

单细胞多组学数据与图主题模型整合: 张俊鹏 2026-3-21 10:37; 单细胞多组学数据与图主题模型整合生物系统的涌现表型源于复杂的分子相互作用。这些相互作用在基因表达的多个层面发挥作用调控：基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组。表征这种调控行为对于研究这些过程至关重要，它是开发药物和靶向个性化医疗策略以及其他转化应用（如药物发现和验证或肿瘤微环境分析）的 ...; 个人分类: 科普|1569 次阅读|没有评论

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