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多组学的基本要素
张俊鹏 2022-5-16 08:49
多组学的基本要素 多组学是测序技术的产物，它通常包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等多个维度数据。在现代生物学领域，多组学之所以迅猛发展，其前提条件是，单一组学数据对于探究生物学问题具有单一局限性，然而生物体问题的解决往往需要多维度信息进行表征。例如，在癌症研究 ...
个人分类: 科普|336 次阅读|没有评论
差异表达分析：经典方法未必逊色于流行方法
张俊鹏 2022-5-11 09:11
差异表达分析：经典方法未必逊色于流行方法 差异表达一般指基因在不同组别（例如实验组 vs 对照组）内的表达水平具有显著性差异，该分析是转录组数据的常规步骤之一。目前，针对转录组数据，差异表达分析工具有 DESeq2 、 edgeR 、 limma-voom 、 NOISeq 、 dearseq 、 t-test 和 Wilcoxon ...
个人分类: 科普|1461 次阅读|没有评论
scIMC：填充单细胞转录组数据缺失值
张俊鹏 2022-5-9 07:43
scIMC ：填充单细胞转录组数据缺失值 在之前，已经介绍了一款填充蛋白质组学数据缺失值的工具： NAguideR （ NAguideR ：填充蛋白质组学数据缺失值 ）。本次将介绍一个填充单细胞转录组数据缺失值工具 scIMC （ single-cell Imputation Methods Comparison platform ， https://server.we ...
个人分类: 科普|1380 次阅读|没有评论
你衰老了吗？
张俊鹏 2022-5-4 08:41
你衰老了吗？ “当独立、自助的生活不能再维持时，我们该怎么办？在生命临近终点的时刻，我们该和医生谈些什么？应该如何优雅地跨越生命的终点？”，这是美国作家 Atul Gawande 在畅销书籍《最好的告别》（图 1 ）中的发问。《最好的告别》是一本关于衰老与死亡的书籍，并从医生角度对衰老与死亡 ...
个人分类: 科普|1383 次阅读|没有评论
你健康吗？
热度 3 张俊鹏 2022-4-29 12:17
你健康吗？ 早晨的阳光洒在苍山千秋画的身上，穿上运动鞋，奔跑在运动场地；傍晚的余晖拨弄洱海万古琴的琴弦，拍拍身上尘埃，漫步在生态廊道。这是生活在大理的早晨和傍晚场景，也是追求健康生活每一天的写照（图 1 ）。 图 1 苍山和洱海（网上供图） 大家都想要健康生活，一般 ...
个人分类: 科普|5437 次阅读|5 个评论 热度 3
6个，10个，14个......
张俊鹏 2022-4-27 07:33
6 个， 10 个， 14 个 ...... 法国童话《一个，两个，三个。。。。。。蘑菇下躲雨》（图 1 ）讲述森林里的小动物找地方躲雨。小小的蘑菇在雨水滋润下，慢慢变大，容纳越来越多的小动物们纷纷挤到蘑菇底下躲雨。 图 1 《一个，两个，三个。。。。。。蘑菇下躲雨 ...
个人分类: 科普|5649 次阅读|没有评论
记一次主题编辑经历
热度 1 张俊鹏 2022-4-18 11:24
记一次主题编辑经历 为期 8 个月（从 2021 年 7 月 20 日至 2022 年 3 月 20 日）的 Frontiers in Molecular Biosciences 杂志的主题编辑工作终于落下帷幕了。本次研究主题为“ Computational Identification of ceRNA Regulation ”，已经在本公众号宣传了多次。以往大都以作者和审稿 ...
个人分类: 科普|1510 次阅读|2 个评论 热度 1
生物组织内细胞通讯
热度 1 张俊鹏 2022-4-8 21:00
生物组织内细胞通讯 在多细胞生物组织内，细胞往往通过介质将发送的信息传递给其他细胞。信息一旦发出，其他细胞会做出三种反应：响应、无响应和接收不到。这种模式非常类似于我们用电话跟其他人打电话时的场景，当我们拨打电话之后，对方也有三种反应：接电话、不接电话和无信号接收不到。一般而言，细胞 ...
个人分类: 科普|1921 次阅读|3 个评论 热度 1
TF靶标
张俊鹏 2022-4-5 12:32
TF 靶标 转录因子（ Transcription Factor ，简称 TF ）是一类与基因 5` 端上游特定序列结合的蛋白质，它能够调控基因的转录，并且让其以特定的强度在特定的时间与空 间进行表达。作为上游调控因子， TF 主要分为两类：普遍转录因子（与 RNA 聚合酶 Ⅱ 共同组成转录起始复合体）、组织细 ...
个人分类: 科普|1389 次阅读|没有评论
一对搭档：计算与生物
张俊鹏 2022-3-31 18:28
一对搭档：计算与生物 搭档是人类共谋或共做一事的称呼。“志同道合”、“一个好汉三个帮”、“集思广益”、“集成学习”都隐含了搭档的重要性。有人说，搭档的最好形式是优势互补。在生物信息学领域，就有一对最佳搭档：计算与生物。 计算属于计算机领域，如今的计算再也不是算盘和计算器， ...
个人分类: 科普|1154 次阅读|没有评论
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