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cspray：分布式单细胞转录组分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:59; cspray ：分布式单细胞转录组分析基于微滴的单细胞 RNA 处理最初始于数万个细胞的样本。随着其他技术的不断进步，这一规模已稳步扩大，以最大化通量和引入多重检测。 PIPseq 等技术的应用进一步将这一规模推向百万细胞以上， Elz 等人在其最近关于商业单细胞 RNA 测序技术的综述中报告称，目 ...; 个人分类: 科普|277 次阅读|没有评论

CellCov：基因体覆盖分析: 张俊鹏 2026-2-24 10:56; CellCov ：基因体覆盖分析单细胞 RNA 测序已广泛普及，并被广泛应用于生物医学研究。近期技术进步已将其应用范围从简单的 RNA 标记（ 3' 或 5' 端）的基因级计数扩展到对转录本的全面覆盖。随着新方法不断涌现，全面的基准测试和适当的质量控制对确保结果的有效性变得越来越重要。 ...; 个人分类: 科普|296 次阅读|没有评论

SCCVAE：变分因果推理学习遗传扰动效应: 张俊鹏 2026-2-24 10:54; SCCVAE ：变分因果推理学习遗传扰动效应基因编辑技术为细胞中基因调控的研究提供了有用的探针。通过扰动单个基因并观察转录组变化，我们可以分离和解析这些扰动的下游效应。这些见解促进了各种下游应用，从识别参与基本细胞过程的基因，到发现潜在的药物靶点用于治疗。有许多潜在的靶基因可以进行扰动。 ...; 个人分类: 科普|297 次阅读|没有评论

DeepCE：相关性增强基因调控网络推断的深度学习框架: 张俊鹏 2026-2-24 10:53; DeepCE ：相关性增强基因调控网络推断的深度学习框架单细胞技术的最新进展为同时测量数千个单个细胞的分子活动提供了强大的工具。单细胞研究的优势在于能够详细准确地表征细胞异质性。然而，大量高维和嘈杂的单细胞数据给数据分析和数学建模带来了重大挑战。单细胞数据的兴起推动了旨在重建动态细胞过程的 ...; 个人分类: 科普|287 次阅读|没有评论

ULMnet：使用单变量线性模型推断细胞通讯网络: 张俊鹏 2026-2-24 10:51; ULMnet ：使用单变量线性模型推断细胞通讯网络身体组织中的细胞存在于一个复杂且动态的多细胞环境中，与邻近细胞相互作用，每个细胞的功能都受到与其他细胞相互作用网络的影响。多细胞生物中的细胞通过这些动态相互作用网络，从早期胚胎发育到成年期持续进行交流。每当这些相互作用受到干扰时，细胞功能可 ...; 个人分类: 科普|285 次阅读|没有评论

整合基因调控信息和FAIR原理知识有助于发现致病基因调控变异: 张俊鹏 2026-2-14 10:36; 整合基因调控信息和 FAIR 原理知识有助于发现致病基因调控变异全基因组测序（ WGS ）成本的显著下降以及健康保险计划对 WGS 覆盖范围的增长加速了 WGS 在临床领域的应用诊断与研究目的。从诊断性全外显子测序（ WES ）向 WGS 的转变，使得人们能够看到人类基因组中编码氨基酸的 ~1% 之 ...; 个人分类: 科普|1687 次阅读|没有评论

人类大脑发育的单细胞蛋白质组图谱: 张俊鹏 2026-2-14 10:32; 人类大脑发育的单细胞蛋白质组图谱蛋白质协调生物过程并执行维持细胞活动的重要功能。虽然遗传学研究加深了我们对复杂疾病的理解，但将这些发现转化为机制见解取决于蛋白质水平的验证。虽然 mRNA 提供了转录活动的一个便捷快照，但越来越多的证据揭示了它在准确反映蛋白质丰度方面的局限性。 ...; 个人分类: 科普|1569 次阅读|没有评论

BiomarkerKB：支持以生物标志物为中心的集成知识库: 张俊鹏 2026-2-11 10:07; BiomarkerKB ：支持以生物标志物为中心的集成知识库生物标志物是现代生物医学研究和临床实践的基础，能够帮助识别疾病、预测治疗反应以及监测患者结果。在过去的二十年中，高通量技术、临床试验和电子健康记录（ EHR ）的快速发展导致生物标志物及其相关注释（包括遗传、蛋白质组、糖组学和代谢组测量） ...; 个人分类: 科普|1325 次阅读|没有评论

癌症中的细胞领域: 张俊鹏 2026-2-9 18:36; 癌症中的细胞领域正如生态位中多样物种一样，细胞和非细胞成分在局部微环境中共存并相互作用，形成复杂的生态系统。这一概念在干细胞生态位中得到了经典体现，它支持骨髓和胃肠道等系统的组织维护、再生和修复。细胞邻域被定义为组织中反复出现的空间结构，是驱动肿瘤微环境（ TME ）复杂且动态过程的基本 ...; 个人分类: 科普|1628 次阅读|没有评论

PC-index：单细胞数据综合指标: 张俊鹏 2026-2-9 18:29; PC-index ：单细胞数据综合指标基因表达谱通常用于定义细胞身份，推断调控和代谢程序，并比较不同组织、条件和个体间的表型。几十年来，大多数转录组分析依赖于整体测量，这提供了平均表达的稳定估计，但本质上掩盖了复杂组织内部的细胞异质性。单细胞和单核 RNA 测序将基因表达分析扩展到 ...; 个人分类: 科普|1501 次阅读|没有评论

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