科学网—NiuXiangna的博文

设为首页收藏本站

开启辅助访问切换到宽版

科学网 › 我的中心 › 博文 › NiuXiangna的博文

NiuXiangna

https://blog.sciencenet.cn/?3447233

精品课程| 知识小卡片|

零代码 | 免费用 | 密码子·生信云细菌基因组云流程正式发布: 牛祥娜 2026-1-20 09:48; 历时5年打磨、150余次参数迭代、5000+株细菌实战验证，上海唯那生物正式发布「密码子·生信云」细菌基因组全套装分析云流程。三箭齐发，扫描图、完成图、GBK补充分析全覆盖，解决所有类型细菌基因组注释分析。【三大类型，全体系覆盖】流程1：细菌基因组扫描图分析全套流程该流程适用于细菌基因组 ...; 427 次阅读|没有评论

NCBI Assembly数据库使用指南：轻松下载组装基因组: 牛祥娜 2025-11-4 11:48; 在微生物组学与病原生物学研究飞速发展的今天，获取高质量的细菌基因组数据是每一项重要发现的起点。无论是溯源分析、比较基因组学、疫苗设计还是耐药性研究，第一步总是： “数据从哪里来？又如何高效下载？” 而全球学者公认的数据宝库，就是 NCBI 。面对 NCBI 庞大而复杂的网站，许多初学者可能会 ...; 3164 次阅读|没有评论

肺炎克雷伯菌的分型和克隆传播: 牛祥娜 2025-9-24 16:11; 第一部分：肺炎克雷伯菌的分子分型 1.1 多位点序列分型（ MLST ） MLST 是一种重要的分子分型技术，常用于研究病原微生物的种群动态、传播规律，监测全球性的高危克隆。截至目前， Pasteur-BigSdb 数据库共收录了 8081 种克雷伯菌的 ST 分型，揭示了克雷伯菌丰富的遗传多样性。已有的 MLST 分型研 ...; 1284 次阅读|没有评论

细菌基因组注释 | 第二站：高精度注释工具Bakta: 牛祥娜 2025-9-18 11:37; 在之前的文章中，我们介绍了原核基因组自动注释工具 Prokka 的使用方法。本节我们将继续介绍另一款注释工具——Bakta。 Bakta（Bacterial Genome Annotation Toolkit）是一款高效的细菌基因组注释工具，能够自动完成基因预测、功能注释以及其他相关生物信息学分析任务（如抗生素抗性基因注释），广泛应用于微生物基因组学 ...; 1363 次阅读|没有评论

大肠埃希菌的分型和克隆传播: 牛祥娜 2025-9-15 14:57; 第一部分：大肠埃希菌的流行病学分型 1.1 系统发育分型（ Phylogroup ）大肠埃希菌（ Escherichia coli ）通常使用 phylogroup （称为亚特异性群体 / 亚种分型）来反映其种内的集群特征，它是根据多位点酶电泳检测到的酶编码基因的等位基因变异确定的。如图 1 所示，目前， E. coli 可以分为 ...; 1460 次阅读|没有评论

实用组学小工具——耐药基因注释（CARD-RGI）: 牛祥娜 2025-9-11 11:27; 一、 CARD-RGI 简介 RGI （ Resistance Gene Identifier ）是由 CARD （ Comprehensive Antibiotic Resistance Database ）团队开发的核心生物信息学工具，主要用于在微生物基因组或宏基因组数据中准确识别抗生素耐药基因（ Antibiotic Resistance Genes, ARGs ）。该工具通过将用户提交的核酸或蛋 ...; 1714 次阅读|没有评论

噬菌体的分类与命名：从传统形态到基因组学: 牛祥娜 2025-9-10 09:46; 第一部分：病毒分类与命名的通用规则 1 、病毒分类的负责机构病毒的分类和命名一般由国际病毒分类委员会（ ICTV ）负责，但 ICTV 不负责种以下的分类如血清型、基因型等，这些需要由国际专家小组确定。 2 、病毒分类层级与最新统计 ICTV 于 2019 年 5 月 ...; 1687 次阅读|没有评论

实用组学小工具——大肠埃希菌血清型分析SerotypeFinder和ECTyper: 牛祥娜 2025-9-5 11:38; 一、关于大肠埃希菌的血清型鉴定大肠埃希氏菌的抗原结构主要包括四类：菌体抗原（ O 抗原）、表面抗原（ K 抗原）、鞭毛抗原（ H 抗原）和菌毛抗原（ F 抗原）。在该菌的血清分型中，通常以 O 抗原和 H 抗原作为主要分型依据，例如常见的 O157:H7 型。对于部分致病菌株，还需额外鉴定 K 抗原， ...; 992 次阅读|没有评论

实用组学小工具——大肠埃希菌亚群分类和鉴定: 牛祥娜 2025-9-5 11:31; 一、大肠埃希菌亚群介绍埃希氏菌属（ Escherichia ）包括艾伯特埃希菌（ E. albertii ）、弗格森埃希菌（ E. fergusonii ）、五个埃希菌隐蔽进化枝以及严格意义上的大肠埃希菌（ E. coli sensu stricto ）。其中大肠埃希菌可进一步划分为七个主要系统群（ phylogroup ），分别命名为 A 、 B1 、 B2 ...; 732 次阅读|没有评论

实用组学小工具——序列ID简化: 牛祥娜 2025-9-1 09:49; 你是否遇到过基因原始序列 ID 太长，包含太多不需要的信息，那么我们该如何对原始序列 ID 进行操作来加速我们的数据分析呢？如果你有这方面的困扰，可以尝试使用密码子 · 生信云平台提供在线的序列 ID 简化小工具，用户上传 fasta 格式的序列文件，即可将序列文件中 ...; 712 次阅读|没有评论

12 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 12 下一页

会议

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2026-2-23 05:40

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部