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零代码 | 免费用 | 密码子·生信云细菌基因组云流程正式发布

已有 109 次阅读 2026-1-20 09:48 |系统分类:科研笔记

历时5年打磨、150余次参数迭代、5000+株细菌实战验证,上海唯那生物正式发布「密码子·生信云」细菌基因组全套装分析云流程。三箭齐发,扫描图、完成图、GBK补充分析全覆盖,解决所有类型细菌基因组注释分析。

【三大类型,全体系覆盖】

三套细菌基因组云流程_画板 1

流程1:细菌基因组扫描图分析全套流程

该流程适用于细菌基因组基于纯二代PE文库测序所得数据的在线自动化、批量分析和基因组注释。支持纯Raw Reads FastQ文件上传、纯Assembly文件上传、Raw Reads File + Assembly File上传三种数据提交策略。

「解读:三种数据类型的分析差别」

数据类型1

数据类型2

数据类型3

上传数据文件

纯Raw   Reads FastQ文件

纯Assembly文件

FastQ File + Assembly File

分析内容

质控+组装+注释

仅注释

质控+注释

结果内容

全套分析

缺少① 原始数据质控

②Kmer频率评估

③GC-Depth分析

④每个样品平均测序深度

⑤每条Scaffold平均测序深度

全套分析

推荐说明

自动调用经典软件SPAdes和SOAPdenovo优化组装,所有参数,均历经数千个样本实战经验反复调试,智能化选择,自动输出最优组装结果

无需组装和测序深度评估,操作简单,运算快

尤其适用于单独优化组装后的基因组下游注释

流程2:细菌基因组完成图分析全套流程

该流程适用于细菌基因组完成图数据在线自动化、批量分析和基因组注释。支持纯Assembly文件上传、Raw Reads File + Assembly File上传两种数据提交策略。

「解读:两种数据类型的分析差别」

数据类型1

数据类型2

上传数据文件

NGS File + Assembly File

纯Assembly文件

分析内容

质控+注释

仅注释

结果内容

全套分析

缺少① 原始数据质控

②Kmer频率评估

③GC-Depth分析

④每个样品平均测序深度

⑤染色体和质粒平均测序深度

推荐说明

可进行组装结果校正及质粒拷贝数评估

操作简单,运算快

流程3:基于细菌gbk文件基因组全套注释流程

该流程适用于各种来源的gbk文件(如GenBank、EMBL)中基因和注释信息提取,补充进行其他各类功能注释分析。该流程支持细菌基因组完成图(单条染色体或多条染色体,包含或不包含质粒)和扫描图(草图)基因组的gbk文件。

「解读:gbk文件基因组注释流程的必要性」

NCBI平台下载以及Prokka、Bakta、RAST等软件平台制作的gbk文件,仅包含基因的位置和基于NR数据库的注释描述,该流程可一键补齐五大数据库(SwissProt、GO、KEGG、COG、Pfam)、各类酶系统、毒力基因、耐药基因、可移动元件、基因结构、基因组圈图等分析数据,全面挖掘基因组信息。

【14个模块 35项结果 40个交互工具】

【六大硬核突破,用户全自主做分析】

特点1:零代码 一键化 操作友好 图表美观

所有流程均后台封装,分析参数自动智能最优化匹配,极简操作,一键化自动分析,SCI级矢量图,智能化交互式查询。

特点2:自由上传 随时下载 永久存储 完全掌控

不限账号注册,不限数据来源,不限样品数量,不限使用时长,不限使用次数,不限使用时段,不绑定合同,彻底打破行业规则,随时上传下载,数据可永久存储,将使用自主权完全交给用户,“我的数据我做主”!

特点3:细菌全类型数据支持

三套流程,支持所有类型细菌基因组数据注释分析,有数据,就能做分析。

测序数据类型:NGS PE测序数据、PacBio测序数据、纳米孔测序数据

组装数据类型:ContigScaffoldSingle ChromosomeTwo ChromomesPlasmid

基因组文件类型:FASTA文件、GBK文件

细菌基因组扫描图流程、完成图流程,还可自定义基因前缀,让每个样品的每个基因,都有独一无二的基因ID编号。

三套细菌基因组云流程-数据类型-02-02

特点4:批量分析 超级算力 千兆网速

全栈流程支持样品批量并行分析,依托超级算力服务集群,4株细菌基因组从组装到完整注释仅需2小时;千兆专线加持,上传下载无忧。

特点5:账号、存储、传输三阶加密 安全无忧

微信扫码加密登录,账号异动秒级提醒;项目运行全程随机动态编号;存储、传输动态加密,企业级集群专用存储盘,RAID 6+热备盘组合模式,多重保护,数据不丢失。

特点6:自由共享 多人协同 权限自定义

项目与数据可一键授权给任意数量账号,多人同时在线协同分析零延迟。权限设置三档随心组合:

可否二次分享——锁住传播链;

可否运行交互分析——掌控结果运行状态;

可否下载/保存数据——决定文件去向。

异地看数据、跨课题组合作更方便,权限可控更安全。

 

分析细菌基因组,选专业平台,认准密码子·生信云,注册即用,不限样本量,7天免费使用!

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https://blog.sciencenet.cn/blog-3447233-1519160.html

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