#参考https://www.jianshu.com/p/bd3119a4dcd5
#导出qiime2的树文件和taxonomy文件，并用ggtree美化树
#根据qiime2计算的rooted-tree.qza，taxonomy.qza 导出数据，画系统发育树
#  由于两个数据的hash码顺序是不同的，需要重排序
#  根据tree数据对matedata排序并重构外部数据
require(readr)
require(treeio)
require(ggtree)
require(tidyr)
require(dplyr)
require(tidytree)
matedata <- read_tsv("taxonomy.tsv")
tree <- read.newick("tree.nwk")
match_Tax <- matedata[match(tree$tip.label, matedata$`Feature ID`), ]
df <- data.frame(lable = tree$tip.label, Taxon = match_Tax$Taxon)
df <- separate(df, Taxon, 
               into = c("K", "P", "C","O","F","G", "S"),  sep = ";")
#  用%<+%传入外部数据，并用Taxon做tiplabel
P_tree <-  ggtree(tree, size=0.8, 
                  branch.length="none",
                  aes(color = P), layout  =  "circular") %<+% df + 
  # 按照门对tiplab上色
  geom_tiplab2(aes(label = G), size = 1,hjust  =  -.01) +
  # 利用负号，生成中空的树
  xlim(-0.5, NA) + 
  # 限定画布大小
  xlim_tree(1.2)
P_tree
ggsave(P_tree, file="tree.jpg", width=10, height=10,dpi = 300)

taxonomy.tsv

tree.nwk