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win10自带的Ubuntu安装qiime2

已有 2912 次阅读 2021-1-15 13:21 |个人分类:qiime2|系统分类:科研笔记

#控制面板,程序,启用或关闭windows功能,勾选适用于Linux的Windows子系统

#在应用商店,搜索Ubuntu,安装,设置账户与密码

  1. #配制Ubuntu镜像

  2. cd /etc/apt

  3. sudo mv sources.list  sources.list.bak

  4. vim sources.list

    # 默认注释了源码镜像以提高 apt update 速度,如有需要可自行取消注释

    deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy main restricted universe multiverse

    # deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy main restricted universe multiverse

    deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-updates main restricted universe multiverse

    # deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-updates main restricted universe multiverse

    deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-backports main restricted universe multiverse

    # deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-backports main restricted universe multiverse

    deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-security main restricted universe multiverse

    # deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-security main restricted universe multiverse

    # 预发布软件源,不建议启用

    # deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-proposed main restricted universe multiverse

    # deb-src https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/ubuntu/ groovy-proposed main restricted universe multiverse

    sudo apt-get update

#安装oh my zsh

sh -c "$(curl -fsSL https://gitee.com/shmhlsy/oh-my-zsh-install.sh/raw/master/install.sh)"

安装 sudo apt install zsh

cd 

vim .zshrc

#修改主题“ys”

source .zshrc

# 下载最新版的miniconda3

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

# 运行安装程序

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#按安装过程中提示操作:回车查看许可协议,空格翻页,输入yes同意许可;默认安装目录为你的家目录下~/miniconda3目录,可回车确认使用此目录;安装结束时提示是否添加至你的环境变量~/.bashrc,可以选择yes或no。选yes可直接将conda3环境加入环境变量的最高优先级,使用方便,但Python3变为默认环境,破坏你之前依赖Python2的软件环境。而选no不添加保证之前软件安装环境不变,但运行conda及相关程序时,需要运行一条命令临时添加~/conda/bin目录至环境变量,或使用绝对路径。以后想要使用conda,需要运行如下命令将conda临时添加环境变量

export PATH=~/conda/bin:$PATH
#如果同意添加环境变量,完成后关闭当前终端,新打开一个终端继续操作才能生效。
#默认安装路径

#不初始化

source miniconda3/bin/activate

conda info --envs

conda init zsh

#配制anaconda镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --set show_channel_urls yes

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

cat ~/.condarc

#创建新的环境变量

conda create -n python2 python=2

conda create -n python3 python=3

conda activate 

#删除环境变量

conda remove -n python2 --all

rm -rf ~/miniconda3/envs/python2

#下载软件安装列表
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#创建虚拟环境并安装qiime2防止影响其它已安装软件
conda env create -n qiime2-2019.7 --file qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#删除软件列表
rm qiime2-2019.7-py36-linux-conda.yml
#激活工作环境
conda activate qiime2-2019.7
#检查是否安装成功,弹出帮助程序即成功
qiime --help
#关闭工作环境
conda deactivate


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