背景：在小分子质子化准备的过程中，我们希望保持小分子的自身的RS构型。

在chemdraw中的小分子，我们可以保存为2D的sdf，并在2D的sdf信息中记录构型的信息。

但是maestro是不能识别2D中的RS构型的。

•Maestro中的glide不能保持2D的手性•

80多个天然产物结构经过maestroligprep处理变成了800多个结构

•探究原因：没有能保持原先的手性•从ISIS/BASE导出的2D分子sdf，是否记录了手性,记录了手型，

但是maestro不识别sdf的手性

解决的方法：

借助openbabel把其转换成3D的格式，openbabel在win下回出现未响应的情况。

当你关掉openbabel会有部分分子被转成3D的了，但是速度太慢。

建议用命令行处理

变成3D,保持构型

命令行如下：

babel -isdf xx.sdf -osdf out.sdf --gen3D -as

突然发现这个命令产生的构型和原来的构型是不一致的，

也就是说是不能用这个命令的，！！！！

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在win下的babel和obabel我感觉是没有区别的

因为linux下只有babel

友情提醒：不要在win下转大量的分子，比如我的第3个分子在win下始终转不过去，

即使单独挑选出来也转不过去，浪费了好长时间。

尽量下载最新版本的openbabel.

在linux下虽然速度也不快，但是匀速进行 。

2D转3D可能计算量大

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总结

maestro不能识别2DSDF手性
maestro不能识别2Dmol手性
Maestro可以识别3DSDF手性
Maestro可以识别3Dmol2手性
解决方法：
首先把2D的sdf（记录手性信息）借助于openbabel转成3Dsdf，并保留注释信息（ISIS/BASE中的编号，保存者）
若直接把cdx保存为3D的格式会丢失注释信息
然后再到maestro大致浏览一下，随机对照一下手性

补充下

sdf格式的说明

第一行必须要为空否则不识别