实验室测了几个ChIP-seq，想要把自己的结果展示出来，用UCSC genome browser的自定义track毕竟还是不方便，于是就开始硬着头皮去看本地化。

从 http://genome.ucsc.edu/admin/mirror.html 这里开始。

具体参考http://genome-source.cse.ucsc.edu/gitweb/?p=kent.git;a=tree;f=src/product。

主要问题：

1. MYSQLLIBS 按照文档中写的不一定能用。

2. trash的link很重要，位置错了就不能显示图。

3. mysql的权限要搞对，不然导入数据时总出错。

4. 已有的数据库用rsync和fetchFullGbdb.sh下载就好了，要注意位置，我把他们下载在服务器其他地方，做了个link，方便管理。

5. 搞不清楚数据库样子的时候，去看看源数据库是怎么搞的：mysql --user=genome --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A。

6. 创建自定义的数据库后，先授权。

7. 如果是在已有的基因组中增加自定义的track，允许hgTrackDb更新后才会在网页中显示出来，config文件就参考已有的照猫画虎，多试几次才知道该写些什么。

8. 如果是创建新的基因组，在hgcentral表中新增自定义基因组的信息，最少需要grp、trackDb、hgFindSpec、chromInfo、gold、gap这几个表，不知道这些表需要什么信息的时候，找个已知数据库看看就知道了。

9. 遇到个错误：mySQL error 1036: Table 'history' is read only，原来是mysql目录权限问题，chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql; etc/init.d/mysqld restart就好了。

10. 我要把ChIP-seq的peak显示在服务器上，用wigEncode把macs生成的wig转成browser的wig文件，用hgLoadWiggle导入对应的基因组数据库，在hgTrackDb配置文件中写好type、color之类的参数，就好了。