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[转载]生命 = f(环境, t):从传统智慧到新生物学范式(3)

已有 654 次阅读 2025-12-8 10:45 |系统分类:观点评述|文章来源:转载

本文是 NMT通讯 录用的早期版本,已为促进学术交流先行在线发布,但尚未完成传统的期刊出版全流程。

结论与展望

4.1 科学公式的总结

生命 = f(环境, t) 远非简单的数学表达式;它是一个强大的科学框架,将古老的哲学智慧与前沿的生命科学技术统一起来并系统性地论证了:

1.     理论升华: 该公式将天人合一的整体观提炼成一个包含四个关键要素——生命主体、环境因子、时间动态和相互作用机制——的严谨框架,使其适于科学研究。

2.     语言建立: 离子分子组学 (imOmics),以离子/分子流为核心度量,为量化和解读生命与环境之间的动态相互作用(函数“f”)提供了科学语言。

3.     工具实现: NMT为中心的技术体系实现了对这一动态过程的活体、实时、原位测量,使理论得以付诸实践。

4.     实践验证: 全球离子分子组计划 (GiP),通过建立全球标准化网络及其在智慧农业、精准医疗、环境监测等领域的应用,系统化、大规模地验证和应用了生命 = f(环境, t) 公式的有效性和巨大潜力。

5.     新生物学范式: 传统的分子生物学中心法则描述了遗传信息从DNARNA再到蛋白质的线性流动,为生命科学奠定了基础。然而,该框架主要关注细胞内信息的编码和表达,未能完全揭示生命体作为动态开放系统,如何通过持续的离子和分子交换,将内部指令与外部环境整合,最终实现复杂表型。新提出的范式DNA → RNA → 蛋白质 → 离子分子组 → 表型,是对这一局限性的重要补充。它将中心法则的分子通路延伸至离子分子组 (imOme) 的宏观动态层面,并最终连接至表型,构建了一个更完整的强调生物体与其环境实时相互作用的生命活动描述体系(见图3)。

 

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 3. 简化的新生物学范式。离子分子组 (imOme) 指的是在特定时间和条件下,生物体(及其组成部分)与外部环境之间所有离子和分子交换活动的动态总和。它如同生命相互作用的实时日志,记录了生物体如何响应环境变化调节离子和分子的流速和分布,维持内部稳态,并执行各种生命过程。它将研究视角从细胞内遗传信息的内部传递,扩展到了整个生物体在其环境中的实时物质与能量交换过程。将离子分子组理解为连接微观分子事件与宏观表型的桥梁,对于阐明复杂疾病机制、开发新型环境修复策略、提高农产品品质等领域具有重要价值。这标志着生命科学从基于序列解读生命之书,转向监测和解读实时的生命之流

这一新范式的核心在于将离子分子组定位为连接上下游的关键环节。蛋白质作为基因表达的终产物,是生命活动的执行者,但它们并非在真空中运作。离子分子组精确地捕捉了在特定时空下,由蛋白质(如离子通道、转运体、酶等)介导和调节的生物体与其外部环境之间所有离子和分子交换的动态总和。这个过程就像一本生命相互作用的实时日志。它不仅记录了基于遗传信息的静态蓝图,还动态地反映了生物体如何通过调节离子(如K⁺Ca²⁺)和分子(如葡萄糖、代谢物)的流速和分布,来响应光照、温度、养分乃至胁迫等环境变化。这种动态交换维持着内部稳态,并驱动着生长、发育、适应等各种生命活动。

4.2 未来展望

展望未来,在GiP驱动的生命 = f(环境, t) 科学框架引领下,生命科学将迈入预测与调控的新时代:

        从预测到精准调控: 随着GiP全球数据库的不断增长,结合人工智能和机器学习算法,我们将能够构建更精确的预测模型。未来,我们不仅能预测疾病发作、作物生长和生态系统演变,还能通过精确干预环境因素(如药物、营养、物理场)来主动调控生命过程,实现上医治未病的理想。

 

        数据驱动的科学与跨尺度整合: GiP产生的大规模、标准化的离子分子组学数据,将与基因组学、蛋白质组学、代谢组学等多组学数据深度融合。这将使我们能够建立一个完整的认知链——从基因到表型,从静态蓝图到动态功能——跨越分子、细胞、组织、个体乃至生态系统的多个尺度。

 

        新产业革命的催化剂: 对生命过程的深刻理解和精准调控能力,必将催化一系列颠覆性技术和新兴产业的诞生,包括个性化精准医疗、环境友好的未来农业、高效生物制造和数字生态健康管理等,为解决全球健康、粮食和环境挑战提供方案。

因此,生命 = f(环境, t) 不仅代表从传统智慧到科学公式的演进,更开辟了一条通往生命科学与和谐发展的新路径。这条路径的核心在于运用科学手段,重新认识和量化生命与其环境之间最古老、最深刻的联系。该框架从根本上重新定位了我们研究生物学的方法,将焦点从生命在静态、组成意义上是什么?转向它如何通过与其周围环境的持续、动态对话来运作和持续?其意义深远,表明要真正理解健康、疾病、生长或生态系统稳定性,我们必须超越对部件的编目,开始解读构成生命过程本身的实时流动。

这种由GiP和离子分子组学赋能的新范式,有望将生命科学转变为一门预测性和调控性的学科。随着关于生命-环境相互作用的大规模、标准化数据集的增长,并与人工智能和机器学习相结合,我们将从仅仅观察现象,进步到预测生物学结果——无论是疾病的发作、特定气候条件下作物的产量,还是生态系统的临界点。这种预测能力是进行精确干预的前提。最终目标超越了预测,延伸到积极、有益的调控:根据个体的实时生理状态定制医疗方案,设计动态优化植物健康和资源利用的农业实践,或管理生态系统以增强其抵御环境变化的能力。这在一个宏大的、技术赋能的尺度上体现了上医治未病这一古老理想。

此外,提出的新生物学范式(DNA → RNA → 蛋白质 → 离子分子组 → 表型)为我们理解生物学提供了一个关键的、缺失的环节。它将离子分子组——离子和分子交换的动态总和——定位为遗传潜力在特定环境背景下转化为功能现实的关键界面。基因提供了工具(蛋白质)的蓝图,而离子分子组揭示了这些工具实际上如何被使用,其效率受即时环境条件的调节。这弥合了遗传学与生理学之间的历史鸿沟,创造了一个从信息到行动的连续因果链。认识到这种流动并非严格单向的——有证据表明翻译后修饰和其他反馈机制会影响基因表达——增加了一层复杂性,而新范式容纳了这一点,将生命描绘成一个精细调控的、依赖于情境的反馈系统,而非固定程序的线性执行(见图3)。

最终,生命 = f(环境, t) 框架的广泛采用有可能催化一场以生物学理解为中心的新产业革命。它将推动个性化精准医疗、可持续高效农业、智能化环境管理和生物制造的进步。通过提供统一的科学语言和工具集来应对全球健康、粮食安全和环境可持续性方面的挑战,这一框架不仅仅是推进科学;它为实现人类与维持所有生命的行星环境之间更和谐、更可持续的共存提供了一份实用的路线图。从天人合一的哲学直觉,到可量化、可操作的生命 = f(环境, t) 科学公式,这一历程标志着人类思想的重大成熟,使我们能够以前所未有的智慧和精确度来管理复杂的生命网络。



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