1.下载及安装 bowtie2；

   http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 

2.格化式数据库（如contig序列文件）；

bowtie2-build contigs.fa assembly.bowtie

3.Map 原始序列至 contigs,结果输出为 SAM format；

（1）Paired-end reads

bowtie2 -x assembly.bowtie -1 Raw-reads-1.fq -2 Raw-reads-2.fq -S mapping.sam -p 10

（2）Single-end reads

bowtie2 -x assembly.bowtie -U reads.fastq -S mapping.sam

4.使用perl脚本抽取contig对应原始序列；

perl extract.fasta.from.sam.using.list.pl -l list.of.scaffolds.txt -s mapping.sam -o reads.subset.fa

5.使用perl脚本抽取contig对应paired-end 序列；

perl extract.fasta.pe.reads.using.single.pl -s reads.subset.fa -p all.paired.reads.fa -splitheader "/"

perl脚本下载地址：

http://madsalbertsen.github.io/multi-metagenome/docs/step3.html