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LncRCD：12种调控细胞死亡类型相关的lncRNA数据库
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LncRCD：12种调控细胞死亡类型相关的lncRNA数据库
调控性细胞死亡（RCD）是一种由一个或多个信号模块激活引起的细胞死亡形式，这些信号模块可以通过药理学或遗传学调控。RCD 的诱导和执行主要由信号放大复合物的形成来调节，这些复合物在发育和免疫反应中发挥着重要作用。当哺乳动物细胞暴露于细胞内或细胞外微环境的不可逆扰动时，多个信号级联中的一个可以被激活，并最终导致细胞死亡。不同类型的 RCD 表现出从完全坏死到完全凋亡的完整形态学特征，以及从抗炎和耐受到促炎和免疫原性的免疫调节特征。由于 RCD 具有可修饰性和靶向性越来越多的研究聚焦于癌症中调节性细胞死亡（RCD）类型的调控通路和特征。目前，许多研究人员已经识别出几种针对 RCD 的治疗靶点和通路。同时，新的证据表明不同死亡模式（如铁死亡、坏死性凋亡和炎性细胞死亡）之间存在复杂的“相互作用”，这些模式协同塑造肿瘤免疫微环境。因此，从全貌“泛 RCD”的角度出发，对于解析肿瘤退化的分子逻辑、通过联合触发多种 RCD 通路来克服多药耐药性制定策略至关重要。
长链非编码 RNA（LncRNA）是一类长度超过 200 个核苷酸的长链非编码 RNA，它们在不同层面上是基因表达的重要调控因子。LncRNA的异常表达和突变与肿瘤发生、转移和肿瘤分期密切相关。LncRNA可以通过多种机制调控基因，包括作为竞争性内源 RNA（ceRNA）来结合miRNA 作为蛋白质复合物的分子支架，或诱导表观遗传修饰。然而，RCD 相关 lncRNA 在癌症中的作用机制和临床应用仍需进一步深入研究和探索，旨在为癌症的早期诊断、治疗和预后评估提供更精确的方法和策略。RCD 的调控格局因 lncRNA 的参与而更加复杂，lncRNA 在基因表达中充当多功能的传导者。例如，特定的 lncRNA 已被证明通过稳定关键的转录因子或酶来使肿瘤细胞对凋亡或铁死亡敏感。尽管有这些零星的发现，但跨多种 RCD 模式的 lncRNA 介导的调控网络的系统特征仍基本未得到探索，这使我们对非编码调控层在细胞死亡中的理解存在重大空白。
尽管已有多个数据库收录了与 RCD 相关的蛋白质编码基因，但专门针对 RCD–lncRNA 相互作用的专业平台仍然缺失。现有资源往往提供零散信息，未能提供用于跨癌症比较或临床相关性研究的交互式分析工具。因此，迫切需要一个综合资源来弥合高通量测序数据与可操作的生物学见解之间的差距。为解决这一问题，Zhao等人开发了 LncRCD，这是一个在多种癌症中手动整理的与 RCD 相关基因和与 RCD 相关的 lncRNA 资源（图 1）。如图 1 所示，LncRCD 整合了 18 种癌症的整理 RCD 基因集和转录组数据，以识别与 RCD 相关的 lncRNA，并进一步提供跨 RCD 类型的相似性分析、差异表达模式、调控网络和功能富集结果。该资源首次提供了来自文献和算法预测的与 RCD 相关的基因和 lncRNA。 LncRCD 被设计为一个系统化的资源库和以发现为导向的平台，其主要目标是为用户提供一个标准化的、预先计算的 lncRNA–RCD 相互作用图谱，并可作为探索 lncRNA 在癌症中潜在调控作用、生成其参与细胞死亡过程的假设以及指导鉴定候选生物标志物的有价值工具。
图1 LncRCD 分析流程及相关癌症类型中与 RCD 相关的 lncRNA 谱。(A) 12 种调控细胞死亡的来源及相关基因集来自 PubMed 和多个数据库。通过结合 RCD 相关基因和 TCGA 数据预测 RCD 相关 lncRNA。(B) LncRCD 还包含与 RCD 类型相关的 lncRNA 集之间的相似性、与 RCD 类型相关的 lncRNA 差异表达、RCD 类型调控网络、RCD 相关 lncRNA 与 RCD 相关基因，以及与 RCD 类型相关的 lncRNA 功能注释
参考文献
[1] Hongying Zhao, Lin Bai, Shiyi Li, Yanwu Sun, Wangyang Liu, Zushun Chen, Lu Wang, Chuncheng Hao, Li Wang. LncRCD: A Comprehensive Database for Pan-Cancer Characterization of lncRNAs Related to 12 Regulated Cell Death Types. Comput Struct Biotechnol J. 2026;35:0110.DOI: https://doi.org/10.34133/csbj.0110
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