circDiscoverer：circRNA-蛋白质互作资源 

之前被认为仅仅是异常剪接的副产物，环状RNA（circRNA）在RNA生物学领域因其对多种细胞过程的调控功能重要性而获得了显著关注。circRNA通过与miRNA、蛋白质和编码蛋白质相互作用发挥作用。circRNA的功能证据首先通过其作为miRNA海绵的能力得到证实。随后，这种海绵活性被报道在几种病理条件下发挥作用，突显了circRNA在RNA生物学领域作为一个新的前沿。circRNA-miRNA相互作用比circRNA-蛋白质相互作用（CPI）得到了更广泛的研究，CPI最早于2017年报道，并且仍然相对研究较少。因此，最近Srinivasan等人试图建立一个用户友好的综合网络资源，称为“circDiscoverer”（图1，https://aclab.iiserb.ac.in/），以广泛探索CPI。circRNA与蛋白质结合并形成一种稳定的相互作用，这种相互作用不受核酸外切酶的影响，并且这些复合物可以改变这些蛋白质引起的下游效应。 

图1 circDiscoverer工作流 

几个数据库提供了有关circRNA的信息，但只有少数数据库提供了有关CPI的信息，例如circInteractome、circFunBase、POSTAR3、starBase、circATLAS和circNetVis、CIRCpedia v3.0和RMVar2.0，但这些在蛋白质数量或提供关于CPI及其相互作用伙伴的功能验证方面仍然有限。为了填补这一空白，Srinivasan等人开发了一个名为circDiscoverer的网络资源，该资源提供了关于circRNA-蛋白质相互作用（CPI）的全面信息，包括文献支持的相互作用和计算预测的相互作用。为了促进这些CPI的验证，circDiscoverer提供了资源，例如预测的qRT-PCR引物和gRNAs，以及候选circRNA中潜在的RNA修饰的详细信息。此外，circDiscoverer包括结合区域，或相关的RNA结合基序——RNA中短而特定的序列，作为RNA结合蛋白的结合位点，适用于所有circRNA。基于hg38基因组组装，该资源旨在支持研究人员揭示circRNA的功能。 

参考文献

[1] Sreeram Srinivasan, Shivam Kumar, Samrat Chatterjee, Ajit Chande. circDiscoverer: A resource for curated and predicted circRNA-Protein interactions with experimental support tools bioRxiv 2026.01.08.698416; doi: https://doi.org/10.64898/2026.01.08.698416 

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS

21. 生物信息资源平台：bio.tools

22. 研究资源识别门户：RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

25. LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版

26. ncRNADrug：与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测ncRNA

27. CellSTAR：单细胞转录基因组注释的综合资源

28. RMBase v3.0：RNA修饰的景观、机制和功能

29. CancerProteome：破译癌症中蛋白质组景观资源

30. CROST：空间转录组综合数据库

31. FORGEdb：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具

32. Open-ST：3D高分辨率空间转录组学

33. ​CanCellVar：人类癌症单细胞变异图谱数据库

34. dbCRAF：人类癌症中放射治疗反应调控知识图谱

35. DDID：饮食-药物相互作用综合资源可视化和分析

36. SCancerRNA：肿瘤非编码RNA生物标志物的单细胞表达与相互作用资源

37. CancerSCEM 2.0：人类癌症单细胞表达谱数据资源

38. LncPepAtlas：探索lncRNA翻译潜力综合资源

39. SPATCH：高通量亚细胞空间转录组学平台

40. MirGeneDB 3.0：miRNA家族和序列数据库

41. RegNetwork 2025：人类和小鼠基因调控网络整合数据库