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单细胞测序揭示乳腺癌异质性并确认TCP1作为乳腺癌治疗靶点

已有 699 次阅读 2026-1-5 09:44 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

单细胞测序揭示乳腺癌异质性并确认TCP1作为乳腺癌治疗靶点

乳腺癌（BC）是女性中最常被诊断的恶性肿瘤，其特征包括多种分子亚型，最显著的是激素受体（HR）阳性、HER2 富集型和三阴性乳腺癌（TNBC）。这些亚型表现出明显的细胞和分子异质性，深刻影响治疗反应和整体临床结局。目前的治疗策略包括化疗、内分泌治疗、靶向药物，以及最近的免疫疗法，如免疫检查点抑制剂。然而，TNBC 的治疗选择相对有限，疗效部分归因于复杂肿瘤微环境（TME）。因此，对 BC 异质性和 TME 动态的更全面理解对于识别新治疗靶点和改善患者结局至关重要。

单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）极大提升了我们解剖肿瘤内复杂性的能力。与传统的批量 RNA 测序不同，单细胞方法能够精确识别单个细胞群体，包括罕见或过渡状态，从而揭示肿瘤进展和治疗耐药的关键特征。这种高分辨率方法对 BC 尤为重要，因其在肿瘤内和肿瘤间的异质性明显，直接影响疾病的侵袭性和治疗效果。多项基于 scRNA 测序的研究已阐明了 BC 生物学的多个方面——例如，澄清了免疫细胞浸润模式和详细介绍了亚型特异性转录程序。然而，大多数研究聚焦于有限的分子亚型或免疫相关特征，且很少有研究能全面、多面向地了解 TME 内的恶性和基质区室。

最近，Wu等人利用 BC 患者的公开 scRNA-seq 数据集，解剖恶性上皮群体及其周边 TME。通过包括 inferCNV 在内的整合分析，定位了具有特定基因组和转录组特征的恶性亚群，尤其是涉及 P53 破坏、KRAS 信号、缺氧和糖酵解升高。亚群类进一步揭示了具有茎状特征的 KRT17+亚组，表明其在肿瘤进展和复发中起关键作用。通过将 Cox 和 LASSO 回归以及随机生存森林（RSF）模型应用于癌症基因组图谱乳腺浸润性癌（TCGA-BRCA）队列，识别出三个关键预后标志物（NFKBIA、PDLIM4 和 TCP1），并在体外验证了 TCP1 的功能性，其敲低降低了 BC 细胞的迁移和侵入能力。综合来看，这些结果强调了 TCP1 作为治疗靶点的潜力，并展示了单细胞转录组学如何优化预后评估并指导 BC 地区的新型治疗策略（图1和图2）。

图1 TCP1 在 BT549 细胞中的功能验证。（A）伤口愈合测定及相应定量条形图显示，β-549 细胞在 shRNA 介导的 TCP1 敲低后迁移能力显著降低。（b）跨孔侵入测定，包含具代表性的图像和定量条形图，显示 TCP1 沉默后侵入潜力降低。p < 0.0001

图2 MCF-7 细胞中 TCP1 的功能验证。（A）伤口愈合测定及相应定量条形图显示，shRNA 介导的 TCP1 敲低后 MCF-7 细胞迁移能力显著降低。（b）跨孔侵入测定，包含具代表性的图像和定量条形图，显示 TCP1 沉默后侵入潜力降低。p < 0.01

参考文献

[1] Wu H, Du H, Si G, Song X, Si F. Single-cell RNA-seq reveals breast cancer heterogeneity and identifies TCP1 as a therapeutic target in breast cancer. PeerJ. 2025 Dec 9;13:e20451. doi: https://peerj.com/articles/20451/.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC