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RNAcentral：基因与文献整合

已有 1462 次阅读 2025-10-31 17:18 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

RNAcentral：基因与文献整合

RNAcentral 于 2014 年建立，作为一个综合数据库，将所有非编码 RNA（ncRNA）序列整合为一个可搜索的资源。此举旨在解决非编码 RNA 领域的碎片化问题，当时存在许多专注于特定 ncRNA 亚型的优质数据库，但缺乏一个易于使用的资源来整合所有 ncRNA 数据，而 RNAcentral 正是为了填补这一空白。RNAcentral 的设计基于“专家数据库”模式，即每个贡献数据库在单一领域提供其专业知识和数据，然后 RNAcentral 将这些数据整合、标准化并整合为一个资源。自建立以来，其规模已增长至包含超过 4500 万个序列。

RNAcentral 已从提供序列和元数据发展到更复杂的数据类型，例如基因本体（GO）注释、序列本体（SO）术语、来自 IntAct和 RNA-KG等资源的相互作用数据，以及 Rfam 和 R2DT 预测等分析。RNAcentral 仍然是 ncRNA 科学的主要序列数据来源，每年拥有数万名用户和数百次引用。

自 2021 年上次发布以来，RNAcentral 已发布了 9 个版本，序列数量从 3000 万增长到 4500 万，现在包含 52 个专家数据库，其中包括 10 个新数据库以及对现有来源的重大更新。还扩展了二级结构预测，从 1300 万序列增加到 3000 万序列。除了这些数量上的变化，还更新和改进了研究人员与ncRNA 数据交互的方式。扩展了搜索功能，允许通过分类学后代进行搜索（例如，所有灵长类动物或所有真菌），并过渡到 CC0 许可，以实现无限制的数据再利用，从而支持学术和商业再利用。

最近，Andrew等人详细介绍了 RNAcentral 版本（https://rnacentral.org/）的进展：新的数据库集成和现有资源的重大更新；文献集成系统（LitScan 和 LitSumm）的实施；基因水平条目的创建；技术基础设施的改进；以及未来的发展重点。

图1 RNAcentral平台

参考文献

[1] Andrew F Green, Carlos Eduardo Ribas, Isaac Jandalala, Philippa Muston, Colman O'Cathail, Guy Cochrane, Christina Ernst, Lingyun Zhao, Pedro Madrigal, Helen Attrill, Steven Marygold, Doron Lancet, Niv Dobzinski, Patricia P Chan, Todd M Lowe, Elspeth A Bruford, Ruth L Seal, Henning Hermjakob, Kalpana Panneerselvam, Robert D Finn, Tatiana A. Gurbich, Sam Griffiths-Jones, Bastian Fromm, Kevin J Peterson, Dominik Sordyl, Janusz M Bujnicki, Sameer Velankar, Sri Devan Appasamy, Sudakshina Ganguly, Peng Zhang, Shunmin He, Kim Matthew Rutherford, Valerie Wood, Ruth Caroline Lovering, Ernesto Picardi, Nancy Ontiveros, Lin Huang, Zhichao Miao, Anton S Petrov, Holly McCann, Emanuele Cavalleri, Marco Mesiti, Elena Rivas, Marcell Szikszai, Marcin Magnus, Jan Gerken, Maria Chuvochina, Danny Bergeron, Michelle S Scott, Kelly P Williams, Mark Quinton-Tulloch, Stavros Diamantakis, Anton I Petrov, Alex Bateman, Blake Sweeney, The RNAcentral Consortium. RNAcentral in 2026: Genes and literature integration. bioRxiv 2025.09.19.677274; doi: https://doi.org/10.1101/2025.09.19.677274

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC