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蛋白的寡聚化是细胞信号转导、凋亡激活、基因调控的关键分子开关,许多信号通路中靶点蛋白的激活依赖于自身或者上游蛋白单体的二聚化或者寡聚化。传统基因敲除/过表达只能在蛋白水平上进行调控,很难做到对寡聚体蛋白的寡聚化时间、剂量层面的可逆可控性调控。化学诱导二聚化(Chemically Induced Dimerization, CID)技术借助小分子配体,可人为操控靶蛋白的二聚与激活,是合成生物学与细胞生物学研究的重要手段。其中FKBP12-F36V正是CID系统的核心组件,而AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547)则是CID系统的核心配体,广泛应用于蛋白互作解析、信号通路研究、细胞凋亡开关、体内动物实验等方向。
一、CID系统的组成及作用原理
完整的CID调控体系由两大核心组分构成,分别是:人工改造的蛋白感应元件和小分子诱导配体。根据配对模式可分为异源二聚体系与同源二聚体系,其中适配AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547)的FKBP12-F36V同源二聚体系是目前应用最成熟的版本。
* 蛋白感应元件即FKBP12-F36V突变结构域:科研人员对野生型的FKBP12进行单点定点突变,改造蛋白配体结合口袋。该突变彻底改变了配体的识别特异性,仅特异性结合AP20187(CAS No.:195514-80-8),不再结合内源配体及雷帕霉素,同时内源野生型FKBP12也无法识别AP20187,保障了该系统的正交性。实验中可将该结构域与目的蛋白(Caspase9、MLKL、PERK等)融合表达,来实现人为诱导目的蛋白激活的目的。
* 小分子诱导元件—AP20187(B/B Homodimerizer):人工合成的二价特异性小分子配体,是CID系统的功能开关。分子结构含两个对称的结合位点,可同时锚定两个FKBP12-F36V结构域,是介导蛋白二聚、启动下游功能的重要诱导剂。
图 1. CID系统的作用机理图
* 基于FKBP12-F36V的CID调控体系主要通过以下流程发挥作用:
① 静息状态(未加入AP20187)
细胞内仅表达FKBP12-F36V融合目的蛋白,无诱导小分子AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547)时,所有融合蛋白均以单体游离状态存在。单体形式的目的蛋白无法发生构象改变、不能启动下游信号通路,细胞生物学行为与野生型无差异,本底活性极低、无基础激活噪音。
② 激活状态(加入AP20187):快速功能启动
外源加入AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547) 后,小分子发挥“分子桥梁”作用,通过双结合位点同时捕获两个FKBP12-F36V单体,强制使两个融合目的蛋白发生空间靠拢、构象改变,形成稳定同源二聚体。蛋白二聚后快速激活自身酶活性或下游级联信号,精准启动细胞凋亡、坏死、应激、基因转录等预设生物学功能,体外细胞模型通常1–4 h即可观测稳定表型。
③ 恢复状态(撤除AP20187):功能可逆消退
随着培养基中AP20187的移除,小分子与FKBP12-F36V的结合逐步解离,二聚体重新拆解为单体蛋白,目的蛋白活性随之关闭,下游通路恢复静息状态,实现可逆式、时序可控的蛋白功能调控。
二、AP20187 在细胞动物实验中的应用
多项研究验证了AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547)介导CID系统激活的特异性与有效性。例如有研究在人乳腺癌MDA-MB-231细胞系中构建了稳定表达FKBP12-F36V-iCaspase9融合蛋白的表达株,用以特异性启动细胞凋亡通路。实验采用300 nM 的AP20187干预细胞48 h,结果显示:该浓度下,AP20187对未转染改造蛋白的普通肿瘤细胞无毒性、无非特异性激活作用,本底干扰极低;仅在表达突变融合蛋白的细胞中,AP20187高效诱导了iCaspase9同源二聚活化,启动线粒体凋亡信号,大幅降低肿瘤细胞的存活率。还有研究在结直肠癌HT-29细胞系中构建了FKBP12-F36V-MLKL稳转模型,利用AP20187实现程序性坏死的可控激活。实验使用100 nM的AP20187短时处理细胞2 h,快速诱导MLKL蛋白的同源寡聚化,激活细胞程序性坏死通路。药物干预后,细胞坏死相关促炎因子CXCL8表达显著上调,而空白对照组细胞无明显坏死与炎症激活表型。该结果证实,低剂量AP20187即可在短时间内高效、特异地启动靶蛋白功能,实现对细胞程序性坏死的调控。
在体内神经模型研究中,以C57BL/6为背景的PLP/Fv2E-PERK转基因小鼠开展实验,验证了AP20187在活体水平的安全性与激活效能。实验设置0.5–5 mg/kg梯度浓度,通过腹腔注射每日给药、连续干预7 天,构建了中枢神经系统内质网应激的可控模型。结果表明:AP20187具备优异的血脑屏障穿透性,可稳定作用于脑组织,并能特异性激活少突胶质细胞的PERK应激通路,显著上调脑组织应激标志物CHOP表达,有效缓解自身免疫性脑脊髓炎模型小鼠的神经髓鞘损伤与轴突退变。在衰老动物模型的经典应用中,研究利用C57BL/6为背景的p21-ATTAC转基因小鼠,通过AP20187实现活体特异性衰老细胞的清除。实验对6月龄转基因小鼠以2 mg/kg剂量每日腹腔给药,持续14 天长效干预。结果显示:AP20187能有效诱导衰老细胞中突变融合死亡结构域的二聚体激活,特异性清除p21阳性衰老细胞,显著下调机体衰老标志物表达,有效改善小鼠脏器老化损伤、延长健康寿命。同时小鼠生长状态、脏器病理结构无异常,证明AP20187(B/B Homodimerizer,AbMole,M13547)具备良好的体内生物安全性、组织穿透性与长期诱导稳定性。总之,AP20187(AbMole)是研究和调控蛋白同源二聚的常用工具化合物。
参考文献
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[2] Clackson T, Yang W, Rozamus LW, et al. Redesigning an FKBP-ligand interface to generate chemical dimerizers with novel specificity. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998;95(18):10437-10442.
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[6] Ofengeim D, et al. Necroptosis promotes cell-autonomous activation of proinflammatory cytokine gene expression. Cell Death Differ. 2018;25(11):1933-1946.
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[8] Baker DJ, et al. Naturally occurring p16Ink4a-positive cells shorten healthy lifespan. Nature. 2016;530(7589):184-189.
细胞实验参考
细胞系:LNCaP human prostate cancer cells expressing ro-iCaspase-9
方法:LNCaP cells were incubated with AP20187 dissolved in DMSO to induce dimerization of FKBP-fused caspase 9 and trigger cell apoptosis. Vehicle control groups received equivalent volume of DMSO under identical culture conditions.
浓度:100 nM
处理时间:24 h
参考文献:Mol Ther. 2012 Jan;20 (1):112-121
* 上述方法来自公开文献,仅供相同目的实验参考。如实验目的、材料、方法不同,请参考其他文献。
动物实验参考
动物模型:PLP/Fv2E-PERK transgenic mice, 8–10 weeks old
配制:AP20187 stock dissolved in 100% ethanol; working solution contains 4% ethanol, 10% PEG-400, and 2% Tween-20 in water
剂量:2 mg/kg
给药处理:intraperitoneal injection, once daily for 12 consecutive days
参考文献:Acta Neuropathol Commun. 2018 Mar 21;6 (1):24
* 上述方法来自公开文献,仅供相同目的实验参考。如实验目的、材料、方法不同,请参考其他文献。
* 体内实验的工作液,建议现用现配,当天使用;如在配制过程中出现沉淀、析出现象,可以通过超声和(或)加热的方式助溶。切勿一次性将产品全部溶解。
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