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AbMole 小讲堂丨5-Ph-IAA:一种AID2系统的配体在蛋白功能动态研究中的应用

已有 653 次阅读 2026-7-28 15:29 |系统分类:科研笔记

蛋白质功能的研究是细胞生物学领域的核心方向,传统手段包括基因敲除或RNA干扰等方法。生长素诱导的Degron系统(Auxin-inducible degron, AID)能通过小分子配体快速诱导靶蛋白降解,实现了蛋白功能的“开关式”精确调控,近年来已成为细胞生物学和化学生物学领域的革命性工具。5-Ph-IAAAbMoleM28809作为IAA(吲哚-3-乙酸,天然生长素)的衍生物,是AID2系统(Auxin-Inducible Degron 2)的核心配体组分,其与工程化OsTIR1(F74G突变体的协同作用,实现了对靶蛋白的快速、高效且可逆的降解调控[1]

AID系统的分子机制源于植物生长素信号通路。在植物中,生长素(如IAA)与TIR1Transport Inhibitor Response 1)受体结合,促进TIR1Aux/IAA转录抑制蛋白的相互作用。随后,Aux/IAA转录抑制蛋白经E3泛素连接酶复合物介导的泛素化修饰被26S蛋白酶体降解,从而解除对生长素响应基因的抑制。科学家将这一机制移植至真核细胞:在细胞中稳定表达OsTIR1(或工程突变体)并将mAIDminimal AID,约45个氨基酸的Degron标签)融合于靶蛋白的N端或C端,加入IAA5-Ph-IAA后,配体-OsTIR1复合物识别mAID标签,诱导靶蛋白的泛素化降解[1]5-Ph-IAACAS No.168649-23-8相较于天然IAA的优势在于其与OsTIR1(F74G突变体的亲和力更高(Kd降低约10倍),且降解动力学更快,在AID2系统中,5-Ph-IAA处理5–30分钟即可观察到靶蛋白水平显著下降,而传统AID系统(IAA + 野生型OsTIR1)通常需要14小时才能达到相当效果[2]

AID2系统的构建需要两个关键遗传元件的共表达:OsTIR1(F74G突变体和mAID标签。OsTIR1(F74GF74G突变位于配体结合口袋,扩大了疏水性空腔以适应5-Ph-IAAAbMoleM28809的苯基取代基,同时保持了与SCF复合物的结合能力;mAID标签源自拟南芥IAA17蛋白的Degron核心序列,经优化后仅保留45个氨基酸,降低了对靶蛋白功能的干扰[2]。在细胞实验中,5-Ph-IAA的降解效率已在多种细胞系中得到验证。HeLa细胞中,稳定表达OsTIR1(F74G)-mCherrymAID-GFP融合蛋白的细胞,经1–10 μM 5-Ph-IAA 处理5–30分钟后,GFP荧光强度下降超过90%,且该降解可被蛋白酶体抑制剂MG13210 μM完全阻断,证实了泛素-蛋白酶体途径的依赖性;而洗脱5-Ph-IAA后,新合成的mAID-GFP2–4小时内恢复至基础水平,实现了蛋白功能的可逆调控[3]HCT116结肠癌细胞中,5-Ph-IAA 诱导的mAID-RPA2(复制蛋白A2DNA复制关键因子)降解可在30分钟内完成,导致DNA复制叉停滞和S期阻滞,该效应在去除配体后完全恢复,为研究DNA复制检查点机制提供了理想工具[3]

与传统AID系统(IAA + OsTIR1野生型)相比,AID2系统5-Ph-IAA + OsTIR1(F74G)的改进具有多重意义。降解速度方面,AID2的半降解时间(t₁/₂)约为5–15分钟,AID1约为30–120分钟,这对于研究细胞周期快速转换事件(如有丝分裂的进入与退出)至关重要;脱靶效应方面,5-Ph-IAAAbMoleM28809与野生型OsTIR1及其他人类蛋白的交叉反应极低,背景降解信号显著降低;组织渗透性方面,5-Ph-IAA的脂溶性高于IAA,在类器官和3D培养体系中的分布更均匀,降解效率更高[4]

5-Ph-IAAAbMoleM28809还在细胞周期和染色体生物学研究中的应用尤为突出。有丝分裂研究中,mAID标签融合于CENP-A(着丝粒特异性组蛋白H3变体)、Ndc80(动粒微管结合蛋白)或Aurora B(染色体乘客复合物激酶),5-Ph-IAA处理可在数分钟内诱导靶蛋白降解,实时观察着丝粒组装、纺锤体附着或染色体分离的缺陷[4]DNA损伤修复研究中,mAID标记的RAD51BRCA253BP15-Ph-IAACAS No.168649-23-8快速降解后,可精确解析同源重组修复和非同源末端连接修复的时空调控机制,揭示修复因子在损伤位点的招募顺序和功能分工[4]

5-Ph-IAAAbMoleM28809还能用于动物实验。线虫(C. elegans)中,5-Ph-IAA通过食物摄入(大肠杆菌OP50培养基中添加100 μM–1 mM)可实现肠道和生殖细胞中mAID融合蛋白的降解,用于研究胚胎发育中的细胞命运决定;果蝇(D. melanogaster)中,5-Ph-IAA 经饲料或注射给药,可在特定组织(如翅原基、眼成虫盘)中诱导靶蛋白降解,研究器官发育的信号调控[3]。哺乳动物模型中,小鼠AID2转基因系的构建已取得成功——通过组织特异性启动子驱动OsTIR1(F74G表达,结合Cre-loxP系统实现mAID标签的组织特异性敲入,5-Ph-IAA腹腔注射(10–50 mg/kg)可在特定组织(如肝脏、肠道、T细胞)中诱导靶蛋白降解,为研究组织特异性蛋白功能提供了体内工具[5]

参考文献及鸣谢

[1] Nishimura, K.; Fukagawa, T.; Takisawa, H.; et al. An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells. Nature Methods 2009, 6 (12), 917–922.

[2] Yesbolatova, A.; Saito, Y.; Kitamoto, N.; et al. The auxin-inducible degron 2 technology provides sharp degradation and in tune stabilization of proteins in mammalian cells and mice. Nature Communications 2020, 11, 5701.

[3] Morawska, M. M.; Ulrich, H. D. An expanded tool kit for the auxin-inducible degron system in budding yeast. Yeast 2013, 30 (9), 341–351.

[4] Holland, A. J.; Fachinetti, D.; Han, J. S.; et al. Inducible, reversible system for the rapid and controlled degradation of proteins in mammalian cells. Proceedings of the National Academy of Sciences 2012, 109 (49), E3350–E3357.

[5] Natsume, R.; Eitoku, T.; Inagaki, N.; et al. Rapid protein depletion in human cells using auxin-inducible degron technology with a chemical auxin analog. BMC Biology 2016, 14, 74.

细胞实验参考

细胞系: HeLa cells stably expressing OsTIR1(F74G) and CEP192-mAID

方法: For cellular depletion assays, HeLa cells harboring OsTIR1(F74G) and CEP192-mAID were cultured in DMEM supplemented with 1 μM 5-Ph-IAA for 6 h before whole-cell lysis and Western blot analysis to assess CEP192 protein abundance. Control cells were treated with an equal volume of solvent DMSO only.

浓度:1 μM

处理时间:6 h

参考文献:Sci. Adv.11,eadq2339(2025).

* 上述方法来自公开文献,仅供相同目的实验参考。如实验目的、材料、方法不同,请参考其他文献。

 

 

 

动物实验参考

动物模型:Rosa26LSL-OSTir1-F74G and Cep192mAID-mNeonGreen mice were generated using CRISPR-Cas9 technology. 

配制:5-phenyl-1H-indole-3-acetic acid (5-Ph-IAA) was dissolved in sterile PBS. Specifically, 10 mg of 5-Ph-IAA was dissolved in 1 ml of PBS under dropwise addition of NaOH. Once dissolved, the pH was adjusted to 7.4 using minute amounts of HCl and reconstituted with PBS to achieve a concentration of 1 mg/ml. The solution was sterile filtered using 0.2-μm syringe filters prior to injection.

剂量:1 mg/kg5 mg/kg

给药处理:Mice were injected intraperitoneally with 1 or 5 mg/kg 5-Ph-IAA either once or repeatedly every 24 h; control mice received intraperitoneal injection of equal volume sterile PBS.

参考文献:Sci. Adv.11,eadq2339(2025).

* 上述方法来自公开文献,仅供相同目的实验参考。如实验目的、材料、方法不同,请参考其他文献。  体内实验的工作液,建议现用现配,当天使用;如在配制过程中出现沉淀、析出现象,可以通过超声和(或)加热的方式助溶。  切勿一次性将产品全部溶解。



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