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SSB | 天津大学蒋建兰课题组：噬藻体A-4L全长基因组的合成组装
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近日，天津大学蒋建兰课题组在Synthetic and Systems Biotechnology杂志发表文章Synthesis and assembly of full-length cyanophage A-4L genome。天津大学化工学院硕士研究生张婷和许博楠为文章共同第一作者。
PART 01 研究内容简介
在这项研究中，研究者们测试了噬藻体A-4L基因组中的部分预测启动子在大肠杆菌中的活性，推测噬藻体基因组可能包含编码对大肠杆菌具有毒性产物的基因，并筛选了相关毒性基因。该研究发现部分ORF的克隆可能受到其他ORF的影响，且一些ORF的克隆可能依赖于基因拷贝数，提出了建议使用低拷贝数质粒作为具有潜在毒性序列的基因组合成组装的载体。
图1. 噬藻体A-4L基因组中的部分预测启动子和毒性基因
从头合成通常由寡核苷酸开始，逐步组装大的DNA片段直至全长基因组。考虑到基因表达产物可能对宿主产生毒性，研究者们提出了一种克隆策略。将噬藻体基因组进行合理拆分，每个ORF均分割为缺失其启动子及起始密码子的片段，从而规避了毒性基因表达造成的克隆失败。获得了所有ORF的短片段后，通过DNA组装技术最终在酵母中成功构建了人工噬藻体A-4L的全长基因组（Syn-A-4L）。与天然噬藻体相比，Syn-A-4L被设计为环形质粒，并只保留了一段末端重复序列。
图2. 克隆策略
图3. Syn-A-4L环形全长基因组
该研究揭示了噬藻体基因组的合成组装过程中可能遇到的阻碍，提出了一些有益参考的方法策略，推动了人工噬藻体的研究。
Synthesis and assembly of full-length cyanophage A-4L genome
Ting Zhang, Bonan Xu, Jia Feng, Pingbo Ge, Guorui Li, Jiabao Zhang, Jianting Zhou, Jianlan Jiang
https://doi.org/10.1016/j.synbio.2022.12.004
Synthetic and Systems Biotechnology是高质量国际开放获取期刊，创刊于2016年。期刊覆盖合成生物学、系统生物学以及生物医药等领域。期刊现已被SCIE、EMBASE、PubMed Central、Scopus、CSCD等重要数据库收录。
2021 Impact Factor: 4.692; 5-Year Impact Factor: 5.23; JCR分区Q2
2021 CiteScore: 6.60, 位列学科Q1区
2022中科院分区生物学大类Q2区；生物工程与应用微生物小类Q1区
入选2019年中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目
https://blog.sciencenet.cn/blog-3496796-1377057.html
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