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SSB | 天津工生所李德茂团队在菌丝体蛋白发酵菌株中开发用于CRISPR-Cas9介导定向重组的高效基因组整合位点

已有 3258 次阅读 2023-1-17 10:31 |系统分类:论文交流

受人口增长、环境污染、气候变化等因素影响,我国蛋白资源的日常供应正面临着严峻的挑战。威尼斯镰刀菌发酵生产的菌丝体蛋白,由于具有安全性好、营养价值高、生产周期短、可连续生产等优点,是一种能够满足于现代人营养需求且具有广阔应用前景的肉类代用品。为了进一步提高威尼斯镰刀菌菌丝体蛋白发酵特性,课题组前期已在TB01菌株中成功建立稳定的遗传转化体系(Tong et al., Journal of Fungi, 2022)和高效的DNA-Free CRISPR/Cas9编辑体系(Tong et al., Applied Microbiology and Biotechnology, 2022)。上述体系的建立可以实现靶基因的高效敲除,然而如果要确保靶基因的定向插入(不破坏基因组内关键基因)且高效、稳定的表达,则还需要提供理想的中性基因组整合位点。

近日,天津工生所李德茂团队在威尼斯镰刀菌TB01中鉴定了两个中性基因组整合位点,在CRISPR/Cas9介导的同源定向重组下可以实现靶标基因100%定向整合并稳定高效表达。相关研究成果以“Identification of neutral genome integration sites with high expression and high integration efficiency in Fusarium venenatum TB01”为题发表在 Synthetic and Systems Biotechnology 期刊上。


PART 01


研究内容简介

CRISPR/Cas9介导的同源定向重组是表达靶标基因的一种有效方法。基于上述方法,提供理想的中性整合位点可以保证靶基因的可靠、稳定和高效表达。课题组通过构建 GFP 随机插入突变体库,并结合表型观察和发酵评估从中筛选到一株菌丝形态、菌落直径、发酵后的生物量及碳源转化效率较野生型无明显差异且 GFP 强表达菌株FS。随后,鉴定了 GFP 表达盒在菌株FS基因组上的整合位点。


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图1 威尼斯镰刀菌TB01中性整合位点鉴定


相比单纯依靠同源臂介导的同源重组,CRISPR/Cas9介导的同源定向重组可以显著提高供体DNA在基因组上的定向整合效率。因此,首先选取上述鉴定位点前后600 bp范围作为候选区域,并使用sgRNACas9工具设计了两个合适位点(Site1和Site2)的sgRNA用于配合CRISPR/Cas9系统使用。通过构建分别针对Site1和Site2位点的CRISPR/Cas9表达载体并组装不同强度启动子驱动下的 GFP 表达盒供体DNA片段,将其段导入到菌体细胞内获得相应荧光菌株。PCR扩增鉴定结果显示,不同启动子驱动的 GFP 表达盒在Site1和Site2位点的整合效率高达100%。



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图2 CRISPR/Cas9介导的供体DNA在鉴定位点的整合效率评估


随后,分别将两个位点上表达 GFP 的荧光转化子连续传5代后发现,其荧光强度与第1代转化子相近,且位点表达 Ptef::GFP 的菌株与原始鉴定 GFP 高表达菌株FS的荧光强度几乎一致,表明靶基因定向整合到Site1和Site2位点后可以稳定遗传并高效表达。进一步发酵评估结果显示, GFP 荧光转化子的生物量和转化率与野生型菌株相比并无明显差异,表明靶基因定向整合到Site1和Site2位点后并不会对菌株生长造成负面影响。


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图3 位点Site1和Site2表达GFP基因的遗传稳定性及对菌株生长影响的评估


该研究鉴定的威尼斯镰刀菌TB01中性基因组整合位点及开发的配套CRISPR/Cas9介导同源定向重组技术,可为今后通过代谢途径改造来加速菌株发展提供重要的合成工具。


该研究得到天津市合成生物技术创新能力提升行动(TSBICIP-CXRC-050、TSBICIP-KJGG-004-20)和中国博士后科学基金(2022M713329)的资助。


PART02


文章信息

Identification of neutral genome integration sites with high expression and high integration efficiency in Fusarium venenatum TB01


Sheng Tong, Kexin An, Wuxi Chen, Mengdan Chai, Yuanxia Sun, Qinhong Wang, Demao Li

https://doi.org/10.1016/j.synbio.2022.12.006


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Synthetic and Systems Biotechnology是高质量国际开放获取期刊,创刊于2016年。期刊覆盖合成生物学、系统生物学以及生物医药等领域。期刊现已被SCIE、EMBASE、PubMed Central、Scopus、CSCD等重要数据库收录。

  • 2021 Impact Factor: 4.6925-Year Impact Factor: 5.23; JCR分区Q2

  • 2021 CiteScore: 6.60, 位列学科Q1区

  • 2022中科院分区生物学大类Q2区;生物工程与应用微生物小类Q1区

  • 入选2019年中国科技期刊卓越行动计划高起点新刊项目





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