🙈: 禹开权

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背景

在得到SNP位点后，我们总想知道在它附近1MB内存在哪些基因，对它进行富集分析之类。如果想要优化程序或者想要mac版本（github提供linux和windows命令行版本）请私信我邮箱，等有空补。

准备文件

GFF文件：

chr1A	EVM	CDS	516539	517162	.	-	0	ID=CDS1.A.satnudSFS1A01G007004.1;Parent=A.satnudSFS1A01G007004.1
chr1A	EVM	exon	516539	517162	.	-	.	ID=exon1.A.satnudSFS1A01G007004.1;Parent=A.satnudSFS1A01G007004.1
chr1A	EVM	gene	524843	526291	.	+	.	ID=A.satnudSFS1A01G007003
chr1A	EVM	mRNA	524843	526291	.	+	.	ID=A.satnudSFS1A01G007003.1;Parent=A.satnudSFS1A01G007003
chr1A	EVM	CDS	524843	526291	.	+	0	ID=CDS1.A.satnudSFS1A01G007003.1;Parent=A.satnudSFS1A01G007003.1
chr1A	EVM	exon	524843	526291	.	+	.	ID=exon1.A.satnudSFS1A01G007003.1;Parent=A.satnudSFS1A01G007003.1
chr1A	EVM	gene	627235	634575	.	+	.	ID=A.satnudSFS1A01G007002

SNP位置文件：

chr1A	515678

运行软件

# linux
./snp_loc_gene -i test.gff3 -l testSnpLoc.txt -o test.out -p 2000
# windows
./snp_loc_gene.exe -i test.gff3 -l testSnpLoc.txt -o test.out -p 2000

-i : GFF file -l : SNP Location file tab符分割两列的坐标文件 -o : Output file -p : Distance from SNP to search for genes 默认1MB -m : mode of search (default: all) 基因横跨pos到远处是否保留，默认保留

结果

第一列基因ID，起始-终止，染色体，SNP的坐标

A.satnudSFS1A01G007004	515678-517162	chr1A	515678

离线版本

https://github.com/yukaiquan/snp2genes

在线版本

截止写稿时还未上线请期待：

http://www.waooat.cn/toolkit/snp2genelist/

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添加图片注释，不超过 140 字（可选）

如果是燕麦基因组在线版本不需要提供GFF文件，只需以Tab分割的SNP的坐标即可；

注意压缩文件现在还不知道为什么偶尔会读取异常，最好解压后拖入框中；

注意结果默认只展示1000行，超过1000行建议直接点击下载按钮