肺炎克雷伯菌（K. pneumoniae）的scgMLSTv2（629个基因座）分型方案是在早期的scgMLST（634个基因座）方案上进行改良的，在该方案中只有缺失的等位基因数少于30个的等位基因谱才会被赋予cgST编号[1]。

LIN（Life Identification Number）代码是Vinatzer等人开发的一个系统，可为分类树（taxonomic trees）创建稳定的命名法[2]，scgMLSTv2将其应用于KpSC，通过多级单联聚类（multilevel single linkage (MLSL) clustering）cgMLST等位基因谱，提供了一种识别KpSC复合谱系的方法。该方法根据query与closest reference之间相似性的水平，推断其Lcn代码，并进一步确定克隆群（Clonal group, CG）和亚谱系（Sublineage, SL）[1]。其相似度的计算公式为：( Number of identical loci ) / ( Total loci [629] - Missing loci )。SL和CG分别属于LIN代码的第三级和第四级。要注意的是不具有cgST分型的菌株同样不具有CG和SL。

图2结果显示7个等位基因的MLST分型ST11、ST258和ST512密切相关，且它们都属于SL258（33.4%），ST258和ST23的丰富反映了临床微生物学对耐多药和高毒K. pneumoniae菌株的关注。

表1 判断SL和CG的阈值

https://bigsdb.pasteur.fr/klebsiella/cgmlst-lincodes/

图1  K. pneumoniae sensu stricto（Kp1）的系统发育结构（MLST、CG、SL）doi: 10.1093/molbev/msac135

图2 SL、CG和MLST分类的一致性（以ST258为例）

doi: 10.1093/molbev/msac135

参考文献

[1] Hennart M, Guglielmini J, Bridel S, et al. A Dual Barcoding Approach to Bacterial Strain Nomenclature: Genomic Taxonomy of Klebsiella pneumoniae Strains [J]. Mol Biol Evol, 2022, 39(7).

[2] Tian L, Huang C, Mazloom R, et al. LINbase: a web server for genome-based identification of prokaryotes as members of crowdsourced taxa [J]. Nucleic Acids Res, 2020, 48(W1): W529-W37.

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