Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。

下载地址：https://github.com/klebgenomics/Kleborate

预测结果

1、物种鉴定

strain ：菌株文件名

species ：物种信息，鉴定范围为Klebsiella pneumoniae species complex (KpSC)

species_match ：物种匹配度

2、毒力基因结果

1）铁载体

Yersiniabactin & YbST（ybtS、ybtX、ybtQ、ybtP、ybtA、irp2、irp1、ybtU、ybtT、ybtE、fyuA）：ybt谱系、分型和等位基因数据

Aerobactin & AbST（iucA、iucB、iucC、iucD、iutA） ：iuc谱系、分型和等位基因数据

Salmochelin  & SmST（iroB、iroC、iroD、iroN） ：iro谱系、分型和等位基因数据

2）外毒素

Colibactin & CbST（clbA、clbB、clbC、clbD、clbE、clbF、clbG、clbH、clbI、clbL、clbM、clbN、clbO、clbP、clbQ）：clb谱系、分型和等位基因数据

3）黏液表型调控

RmpADC & RmST（rmpA、rmpD、rmpC） ：rmp谱系、分型和等位基因数据

RmpA2 ：rmpA2基因的存在情况

3、MLST结果

chr_ST（gapA、infB、mdh、pgi、phoE、rpoB、tonB）：ST型及其等位基因编号

4、血清型结果

wzi ：cps基因簇标志基因的等位基因数据

K_locus ：基因分型（KL）

K_type ：血清学分型（K）

K_locus_problems：K_locus存在的问题

K_locus_confidence ：K_locus结果的置信度

K_locus_identity ：cps核苷酸相似性

K_locus_missing_genes：cps基因簇缺失基因的情况

O_locus ：基因分型（OL）

O_type ：血清学分型（O）

O_locus_problems ：O_locus存在的问题

O_locus_confidence ：O_locus结果的置信度

O_locus_identity ：lps核苷酸相似性

O_locus_missing_genes ：lps基因簇缺失基因的情况

5、耐药基因结果

1）获得性耐药

AGly_acquired ： 氨基糖苷类（aminoglycosides）

Col_acquired ： 黏菌素（colistin）

Fcyn_acquired ：磷霉素类（fosfomycin）

Flq_acquired ：氟喹诺酮类（fluoroquinolones）

Gly_acquired ：糖肽类（glycopeptides）

MLS_acquired ：大环内酯类（macrolides）

Phe_acquired ：氯霉素类（phenicols）

Rif_acquired ：利福霉素（rifampicin）

Sul_acquired ：磺胺类（sulfonamides）

Tet_acquired ：四环素类（tetracycline）

Tgc_acquired ：替加环素（tigecycline）

Tmt_acquired ：甲氧苄啶类（trimethoprim）

Bla_acquired ：β-内酰胺酶

Bla_inhR_acquired ：β-内酰胺酶抑制剂

Bla_ESBL_acquired ：超广谱β-内酰胺酶

Bla_ESBL_inhR_acquired ：超广谱β-内酰胺酶抑制剂

Bla_Carb_acquired ：碳青霉烯类（carbapenem）

2）固有基因突变

Bla_chr ：染色体携带的β-内酰胺类耐药基因

SHV_mutations ：固有SHV基因的氨基酸突变

Omp_mutations ：膜孔蛋白OmpK35和OmpK36的突变

Col_mutations ： Colistin抗性相关基因mgrB 或 pmrB的突变

Flq_mutations ：Fluoroquinolone 抗性相关蛋白GyrA和ParC的突变

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