一年一度的国自然落幕了，中标率是固定的，自然会有喜有忧。本来是平常心，但昨天看到了基金委医学部三位评阅人的意见，还是忍不住在这里回复一下个别毒舌的评阅意见，希望该评阅人在某年某月能看到。我建议以后基金评审可以考虑增加申请人回复评阅人意见的功能，实现这个功能应该不难，不知道是否能引起更多人的共鸣。

很多专性胞内寄生菌（主要是衣原体与立克次体）有保守的质粒，相关机制和功能是我的一个长期研究方向。上一篇博文简要介绍了我们课题组的贝氏柯克斯体质粒研究进展，该工作为今后研究贝氏柯克斯体质粒提供了新研究工具和思路，已发表在Journal of Bacteriology。在此基础上申请了今年的自然基金面上项目，但被个别评阅人大肆贬低，还是深感意外。

以下是三位评阅人的同行评议意见原文，并简要回复第一位毒舌的意见：

<1>具体评价意见：

一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。

申请人的项目名称是“贝氏柯克斯体（Cb）定殖巨噬细胞相关质粒基因的筛选鉴定”，似应解决的关键问题是贝氏柯克斯体质粒基因与巨噬细胞定植能力问题。申请人拟开展的工作是：构建Cb质粒缺失突变体的回补质粒，以验证上述表型与质粒间的遗传关联；构建系列质粒基因突变体，确定与定殖人或鼠巨噬细胞关联的特定质粒基因。本项目有助于对Cb质粒致病机理的理解，对Cb防治方法有一定意义。但是申请人研究内容缺乏深度，缺乏机制的深入探讨，停留在一些表象问题的观察，系统性逻辑性差。没有使用新技术新思路，所用技术方法特异性差。

二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。
申请人的项目缺乏明显创新性，研究思路、所用方法和简述路线都是常规套路，研究内容过分简单，缺乏深度和机制探讨。因此科学价值及对相关领域的潜在影响有限。

三、请评述申请人的研究基础与研究方案的可行性。
作者既往的研究工作散乱，没有明确聚焦的研究方向，研究过衣原体、病毒等，没有高水平论文出版记录。与柯克斯体相关的出版记录缺乏，申请人研究方向分散，没有专注于某一方向深耕细作。

四、其他建议
对贝氏柯克斯体（Cb）定殖巨噬细胞相关质粒基因的筛选鉴定应该采用高通量方法，同时应该有动物实验验证。

回复该毒舌意见如下：基金委的要求是“请评述申请人的研究基础与研究方案的可行性”，斯评阅人明显偏离了方向，有很强的人身攻击性。希望有机会认识这位高水平的大科学家。

“作者既往的研究工作散乱，没有明确聚焦的研究方向，研究过衣原体、病毒等”--我的工作集中在两个方向：病原体快速检测和专性胞内菌（衣原体与立克次体）基础研究。新冠疫情发生后，童贻刚教授积极开展病毒溯源相关研究，我也参与部分工作，这使我感到很自豪，所以将一篇CMJ上的新冠病毒论文列成了代表作。

“没有明确聚焦的研究方向，研究过衣原体、病毒等”--不明白为什么研究衣原体和病毒成了我的缺点，专性胞内菌与病毒的研究方法类似，我一直将之视为长处。

“没有高水平论文出版记录”--专性胞内寄生的细菌研究困难，据我所知，国内还没有其它课题组开展贝氏柯克斯体遗传操作方面研究，不知道评阅人所指的高水平论文是哪类论文。

“申请人研究方向分散，没有专注于某一方向深耕细作”，不懂这与我的申请书有何关系，自认为我的基础研究方向还是比较专注的，那就是衣原体与立克次体致病机理。

以下是基金申请书中列出的五篇代表性论文：

1.    Shengdong Luo#, Shanshan Lu#, Huahao Fan#, Zeliang Chen#, Zhihui Sun, Yan Hu, Ruisheng Li, Xiaoping An, Vladimir N Uversky, Yigang Tong*, Lihua Song*. The Coxiella burnetii QpH1 plasmid is a virulence factor for colonizing bone marrow-derived murine macrophages. Journal of Bacteriology, 2021, 203(9): e00588-20.

2.    Tao Wang, Yonghui Yu, Xiaofei Liang, Shengdong Luo, Zemin He, Zhihui Sun, Yongqiang Jiang, Anders Omsland, Pei Zhou and Lihua Song*. Lipid A has significance for optimal growth of Coxiella burnetii in macrophage-like THP-1 cells and to a lesser extent in axenic media and non-phagocytic cells. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2018, 8: 192.

3.    Le Feng#, Xinxin Lu#, Yonghui Yu, Tao Wang, Shengdong Luo, Zhihui Sun, Qing, Duan*, Ningli Wang*, Lihua Song*. Survey, Culture, and Genome Analysis of Ocular Chlamydia trachomatis in Tibetan Boarding Primary Schools in Qinghai Province, China. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, 2017, 6: 207.

4.    Lihua Song, John H. Carlson, William M. Whitmire, Laszlo Kari, Kimmo Virtaneva, Daniel E. Sturdevant, Heather Watkins, Bing Zhou, Gail L. Sturdevant, Stephen F. Porcella, Grant McClarty, and Harlan D. Caldwell. Chlamydia trachomatis Plasmid-Encoded Pgp4 Is a Transcriptional Regulator of Virulence-Associated Genes. Infection and Immunity, 2013, 81(3): 636-44. (commented)

5.    Huahao Fan, Liqin Wang, Wenli Liu, Xiaoping An, Zhendong Liu, Xiaoqi He, Lihua Song*, and Yigang Tong*. Repurposing of clinically approved drugs for treatment of coronavirus disease 2019 in a 2019-novel coronavirus (2019-nCoV) related coronavirus model. Chinese Medical Journal (English), 2020, 133(9): 1051-1056.

<2>具体评价意见：
一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。
贝氏柯克斯体是Q热的病原菌，对人和动物有强的感染力。研究者在构建了Cb九里II相菌的质粒缺失突变体并对相关功能进行了研究。该项目在此基础上将构建Cb质粒缺失突变体的回补质粒，以验证上述表型与质粒间的遗传关联；并构建系列质粒基因突变体，确定与定殖人或鼠巨噬细胞关联的特定质粒基因。本项目立题依据充分，具有一定的科学意义和应用前景，研究内容尚可。在关键的质粒回补实验中虽然提供了多种策略，如在前期试验中能提供相关的直接实验结
，该项目的可行性则大大提高。

二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。

三、请评述申请人的研究基础与研究方案的可行性。

四、其他建议

<3>具体评价意见：
一、该申请项目的研究思想或方案是否具有新颖性和独特性？请详细阐述判断理由。
该项目在前期构建了Cb九里II相菌的质粒缺失突变体，发现质粒缺失突变体在人巨噬细胞和鼠巨噬细胞中有不同程度的生长缺陷基础上，试图将构建Cb质粒缺失突变体的回补质粒，以验证上述表型与质粒间的遗传关联；在此基础上构建系列质粒基因突变体，确定与定殖人或鼠巨噬细胞关联的特定质粒基因。项目立题具有一定的新颖性和可探索性。

二、请评述申请项目所关注问题的科学价值以及对相关前沿领域的潜在贡献。
如果该项目能顺利解决关键问题，如期完成项目目标，将进一步增加对Cb质粒可能致病机理的理解，对研制新型Cb防治方法也有重要意义。

三、请评述申请人的研究基础与研究方案的可行性。
项目申请人确实具有较好的研究基础和学术背景，但正如申请人项目书中所述，Cb 质粒大，存在遗传多样性，不同的质粒类型可能与导致不同类型的 Q 热疾病相关。Cb 质粒种类就有5种，每种质粒类型编码的基因数目也多，其中 申请人提到的QpH1 质粒编码就约 40 个基因，这些基因可能单独或协同发挥多种生物学功能。所以本项目将回答的哪个或哪些质粒基因与 Cb 定殖人巨噬细胞和鼠巨噬细胞存在关联的问题要有明确答案存在一定难度和不确定性；回补质粒构建是本课题的关键研究内容，申请人认为可利用项目介绍的 A-C 三种策略保证质粒回补实验的完成，每种方法都存在一定的不确定性和风险，能否成功建立所需的回补质粒体系是个庞大且有较大难度的工程，而这又是前一个问题解决的前提，所以该项目的研究方案可行性存在极大的不确定性。项目介绍突变体中的九里 II 相变异株对有正常免疫力的人和动物不致病，可以在普通生物安全二级实验室中进行培养，是国内外的科研用标准菌株。既然对人不致病，该菌株里存在的质粒它的致病性又是怎么理解？还是Cb生存所必须？建议项目申请人利用前期研究基础和平台成功进行回补质粒构建的尝试后，再进行申报研究意义可能会更大。

让朋友们见笑了，我们课题组在衣原体与立克次体遗传操作方向发明了新工具，希望能有机会与社会各界朋友们开展衣原体与立克次体合作研究。