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[转载]聚类分析树之间的对比

已有 4412 次阅读 2019-9-13 11:49 |个人分类:数据分析|系统分类:科研笔记|文章来源:转载

昨天跑着《Numerical Ecology with R》(2018版)的代码,又出了一张很有意思的图。
Rplot01.png

这个图是用tanglegram{dendextend}画的,具体代码如下。

# Objects of class "hclust" must be first converted into objects of 
# class "dendrogram"
class(spe.ch.ward)
dend1 <- as.dendrogram(spe.ch.ward)
class(dend1)
dend2 <- as.dendrogram(spe.ch.complete)
dend12 <- dendlist(dend1, dend2)
dev.new(
  title = "Compare two dendrograms",
  width = 12,
  height = 8,
  noRStudioGD = TRUE
)
tanglegram(
  untangle(dend12),
  sort = FALSE,
  common_subtrees_color_branches = TRUE,
  main_left = "Ward method",
  main_right = "Complete linkage"
)


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