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STAR比对软件用法举例
Step1:下载
wgethttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.5.2a.tar.gz
使用:
解压即可使用,其中程序在bin目录下面。
说明文件:
STAR-master/doc/ STARmanual.pdf
准备数据:
参考基因组和测序数据。
Step2:建立索引
索引hg19
~/supporting_softwares/STAR-master/bin/Linux_x86_64/STAR
--runMode genomeGenerate
--genomeDir ~/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/STAR-hg19
--genomeFastaFiles ~/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19.fa
--runThreadN 12
#–sjdbGTFfile /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/Homo_sapiens.GRCh37.82.gtf
#–sjdbOverhang284 #我的测序数据长短不一,最长的是285bp
Step3::比对
/lustre/user/zhanghl/xuhb/data/STAR
--runThreadN 10
--genomeDir /lustre/user/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/STAR-hg19
--readFilesIn $INPUT/$i""_1.fastq$INPUT/$i""_2.fastq \
--outFileNamePrefix $OUTPUT/$i/$i ; done
输出文件是sam格式,可以通过修改参数修改输出格式。
Step4:count
使用featurecount,featurecounts具有比对速度快,兼容性好的特点。
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/featureCounts
-a/lustre/user/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/Homo_sapiens.GRCh37.82.gtf
-o/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/total_xist
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3382655/SRR3382655Aligned.out.sam
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3382656/SRR3382656Aligned.out.sam
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3575052/SRR3575052Aligned.out.sam
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR529646/SRR529646Aligned.out.sam
/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR529647/SRR529647Aligned.out.sam
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