STAR比对软件用法举例

Step1：下载

wgethttps://github.com/alexdobin/STAR/archive/STAR_2.5.2a.tar.gz

使用：

解压即可使用，其中程序在bin目录下面。

说明文件：

STAR-master/doc/ STARmanual.pdf

准备数据：

参考基因组和测序数据。

Step2：建立索引

索引hg19

~/supporting_softwares/STAR-master/bin/Linux_x86_64/STAR

--runMode genomeGenerate

--genomeDir ~/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/STAR-hg19

--genomeFastaFiles  ~/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/hg19.fa

--runThreadN 12  

#–sjdbGTFfile  /home/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/Homo_sapiens.GRCh37.82.gtf

#–sjdbOverhang284   #我的测序数据长短不一，最长的是285bp

Step3：:比对

/lustre/user/zhanghl/xuhb/data/STAR

--runThreadN 10

--genomeDir /lustre/user/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_hg19/STAR-hg19

--readFilesIn  $INPUT/$i""_1.fastq$INPUT/$i""_2.fastq \

--outFileNamePrefix  $OUTPUT/$i/$i ; done

输出文件是sam格式，可以通过修改参数修改输出格式。

Step4:count

使用featurecount，featurecounts具有比对速度快，兼容性好的特点。

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/featureCounts

-a/lustre/user/zhanghl/supporting_files/Homo_sapiens_glk_v37/Homo_sapiens.GRCh37.82.gtf

-o/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/total_xist

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3382655/SRR3382655Aligned.out.sam

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3382656/SRR3382656Aligned.out.sam

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR3575052/SRR3575052Aligned.out.sam

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR529646/SRR529646Aligned.out.sam

/lustre/user/zhanghl/workshop/xist_ananlysis/result/SRR529647/SRR529647Aligned.out.sam