||
AAfun程序包,最近又做了更新,对应的例子脚本AAfun.R也更新了,请感兴趣的朋友到网盘http://yzhlin-asreml.ys168.com/ 上下载。此博客今后只增加更新的记录,不再上传更新的程序包AAfun。
更新记录:
5.21更新:增加ir2r.sp()功能;spd.plot()增加了参数na。
5.19更新:增加mc.se()功能。
功能三、spd.plot(),用于绘制空间分析的数据。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 | library(AAfun) ### function 3 spd.plot() ### ## spd.plot(): plot spatial data data(barley) ## select varialbe order: row, col, and aim trait aim.trait<-subset(barley,select=c(Row,Column,yield)) spd.plot(aim.trait) |
运行结果如下:
功能四、group.plot(),用于绘制多重比较的结果。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 | ### function 4 group.plot()### ## group.plot(): Plot multicomparison result data(sweetpotato) model<-aov(yield~virus,data=sweetpotato) comparison<- LSD.test(model,"virus",alpha=0.01) group.plot(comparison,"virus") group.plot(comparison,x.lbls="virus",y.lbls="yield(Kg)") |
运行结果如下:
功能五、dial.combn()用于双列杂交的杂交组合和家系编码。
1 2 3 4 5 | ### function 5 dial.combn()### ## dial.combn(): generate the recipro and family code from a diallel mating dial.combn("G",3) dial.combn("G",N=3) # genotype code, diallel mate parent number |
运行结果如下:
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 | > dial.combn("G",3) Male Female Recipro Fam 1 G1 G1 G1G1 F001 2 G2 G1 G2G1 F002 3 G3 G1 G3G1 F003 4 G1 G2 G1G2 F002 5 G2 G2 G2G2 F004 6 G3 G2 G3G2 F005 7 G1 G3 G1G3 F003 8 G2 G3 G2G3 F005 9 G3 G3 G3G3 F006 |
功能六、mc.ped()用于谱系文件格式的转换。
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 | ### function 6 mc.ped() ### ## mc.ped(): change Pedigree format from asreml to MCMCglmm data(PrSpa) df<-PrSpa ### creat an asreml-format pedigree ped<-df[,c(1,4)] names(ped)[2]<-"Mum" ped$Dad<-NA ### transform to MCMCglmm-format pedigree ped2<-mc.ped(ped) |
功能七、mc.se()用于计算MCMCglmm包所计算参数(遗传力、遗传相关、方差分量等)的标准误。具体的用法和例子,请见更新版的AAfun.R。
程序包AAfun的下载地址:
1. 网盘下载 http://yzhlin-asreml.ys168.com/
2. 本地下载:
AAfun_1.0.zip
3. AAfun的例子脚本
AAfun.R
欢迎各位网友试用,也欢迎有关程序包AAfun的任意意见。
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-10-19 23:35
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社