对于Sanger法测序，最后能拿到一个abi文件，用Chromas之类的软件打开，会看到一堆花花绿绿的峰形图，表示序列的碱基位置。那NGS做完后，能得到啥呢？没错，就是fastq文件。准确的说这种文件格式并不是测序仪产生的最最原始的文件，不过fastq是NGS里面最常用的文件格式之一，一般测序结果都会最终转化成这种格式。可以说fastq格式就是为NGS而生的。

Fastq格式是在fasta格式的基础上进行了的补充。Fasta格式一般是是两个部分：第⼀⾏是注释部分，⽤来标⽰序列，⼀般是以> 开始，以换⾏结束；第⼆⾏开始是序列本⾝，是标准的IUB/IUPAC 格式的氨基酸序列或者核酸序列。大概就是像这个样子：

Fastq格式在fasta的基础上进行了扩充，看起来应该是这个样子的：

Fastq一共有四个部分，第一行是@开头的序列标识以及相关描述信息，一般illumina的测序仪得到的fastq文件，会在第一行记录序列的详细来源，从机器的id，run id，flowcell id...直到tile的坐标。第二行是序列信息；第三行是以+ 开头的，序列标⽰符、描述信息，或者什么也不加；第四行是质量信息，与第二行的碱基一一对应。由ASCⅡ码组成。现在大家普遍接受的阈值是Q20，相当于允许1%的错误率。这个值的计算有多个不同的标准，最常用的是Sanger分数，即Phred(测序质量分数)+33，再转换成ASCⅡ码，如Q20，其Sanger分数为20+33=53，其对应的ASCⅡ码是数字5。Illumina公司前期使用过Phred+64的标准，自CASAVA1.8之后，又重新使用Phred+33。这是一副来自wikipedia的图：